1900年8月15日清晨，慈禧带上光绪、大阿哥溥俊和一干后宫嫔妃、宫女太监，以及一些王公大臣等，手忙脚乱地离宫出逃，当然，临走时她没忘了那个和她作对而深受光绪喜爱的珍妃，珍妃反对出逃，正中慈禧下怀，于是被她下令推入井中处死。
一行人犹如丧家之犬，向山西境内而去，但其中却找不到荣禄的身影，慈禧怎么会把他给忘了呢？本来慈禧是想让他跟在身边的，但载漪等人因为素来与荣禄在对付义和团和列强的问题上意见不合，对荣禄很不满意，不想让他在慈禧身边，影响他们和慈禧的关系，而当时这批人的势力还很大。17日，他们到达怀来县城后，发下谕旨，任命荣禄为留京防守大臣，随时给逃跑中的慈禧上报各地情况，收拾京城这堆烂摊子。更可笑的是，慈禧一行还在谕旨中说自己是“暂行巡行山西”，不过是掩耳盗铃的伎俩罢了。
眼见局势如此混乱，荣禄马上收集残兵败部回到保定，准备整顿好兵马，观望局势，恭候慈禧的旨意。为保障慈禧、光绪一行的安全，他按照谕旨的要求，派出董福祥部火速赶上保护。与此同时，刘坤一、张之洞等实行“东南互保”的督抚们也向各国使臣提出，要求保证光绪和慈禧的人身安全，已被任命为全权大臣、待在上海的李鸿章也强烈要求列强停战，开始商谈议和事宜。逃跑中的慈禧也没有忘记议和，她发号施令，要求李鸿章、荣禄等赶快开始行动，她还以为荣禄在北京呢，所以令荣禄办理与列强议和事宜，而荣禄已经在保定待着了。其实荣禄也是为了自己盘算，他毕竟是攻打使馆的指挥者，要是列强不念他明攻暗保的功劳，要拿他问罪怎么办，所以他是不敢待在北京的。
27日慈禧从怀来县出发时，又命荣禄整顿各军，着力布置山西的防务。31日，又命荣禄整顿军队，固守由直隶进入山西的各条通道，因为慈禧已进入山西境内，她担心洋人会从后杀到。看来最危险的时候，慈禧可仰仗的人还是荣禄，她可是把自己的后路都交给荣禄了。
各国公使为拖延议和，故意不承认李鸿章的全权大臣资格，还要求让庆王奕劻主持大局，并提出要严惩“肇乱”的王公大臣。这期间，李鸿章等人上奏请慈禧处理载漪、刚毅、载勋等人，还请求加派奕劻、荣禄、刘坤一、张之洞为全权大臣。
可荣禄却向慈禧表示不愿当议和大臣，他是这样解释的，他说，李鸿章既然已是全权大臣，一切议和事项，就应该责成他去办理，自己负责山西防务，关系到保护慈禧一行的安危，实在是不能兼顾议和。当然，我们不可否认荣禄不愿议和有以上的原因，而且他也觉得列强可能不会让他这个攻打使馆的指挥者参加议和，他也知道论外交他不如李鸿章，但其中还有更主要的原因，那就是他不想承担千古骂名。荣禄也是个饱读诗书之人，也颇能以史通今，焉有不知道青史留名的道理？何况这些年冷眼旁观，见李鸿章因签署不平等条约而饱受辱骂的那种狼狈，如今的议和，只有比以前的不平等更甚，他怎么能跳这种火坑呢？他打定主意，不当这个议和大臣。
8月31日，慈禧看过李鸿章、荣禄等人的奏折后，添派刘坤一、张之洞为议和大臣，与李鸿章随时联系商量议和事宜，至于荣禄的议和任务，却并未明确，只说要等到李鸿章入京后视情形再决定他是否参与。可李鸿章也希望参与的人越多越好，这样他的责任会轻一点。9月2日，他和张之洞、刘坤一再次要求奕劻、荣禄星夜回京商议，万不可缓。3日，已随慈禧逃到怀来的奕劻折回了北京。这时，公使们认为荣禄是围攻使馆的指挥，拒绝接受他的议和全权代表资格，而对荣禄来说，这可真是他的幸运。
逃亡中的清政府连续发布了罪己诏，以及惩办祸首、剿灭义和团等谕旨，荣禄马上命令手下的将领展开了攻剿义和团的行动，并认为通过这一行动，可以防止洋军西进，保护慈禧等人的安全。由于列强有进攻保定的动向，荣禄加紧进行整顿武卫军各营的工作。此外，虽然他不当议和大臣，但他还是必须参与商讨，慈禧命他和李鸿章等人商量后，尽力与各国公使磋商，要是有什么万难应允之事，可事先驳去。方今人为刀俎，我为鱼肉，清政府连开口的机会都没有，还有什么万难应允之事？其实这“万难应允之事”就是指列强将慈禧列为“宣战”祸首，要求加以惩罚，慈禧是让荣禄把关，千万不能答应。
9月15日，李鸿章接受任命，从上海赴天津。10月5日，又由天津赴京。在这期间，慈禧一行向西安进发，而列强对清政府惩罚官员的力度和范围都很不满意，要求进一步严惩，使荣禄也受到牵连。虽然公使们也明白他在围攻使馆的过程中为保护他们出了力，但毕竟荣禄是指挥者，所以他们对荣禄并无好感，甚至有人要求也把荣禄列入惩罚名单。荣禄本来就因此而提心吊胆了，再加上得知八国联军统帅瓦德西准备进攻保定，他就更加心神不定、坐立不安了：如果他们进攻保定，我是拼命抵抗好，还是迎接他们进城好呢？他们进了城，会怎么处理我呢？正在这时，10月6日，慈禧命荣禄去她那儿当差。原来载漪等人已被处分，慈禧身边缺少能干忠心的大臣主持大局，她自然想起了荣禄，而且荣禄又不用担当议和之责，她正好将他叫到身边来。7日，荣禄也收到了李鸿章的密函，告知联军即将攻保定以及各国公使不肯保护他等事项。荣禄马上电告慈禧，他说：“既不能久居保定，又不能前往京津，惟有趋谒行在”，随即起程，由直隶布政使廷雍接管保定防务。就在荣禄走后5天，12日，联军分别自北京、天津出发，前往保定，清军撤出。13日，联军进驻保定，扣留廷雍，并于11月6日将其审判斩首，这一行为简直视清廷如无物。荣禄则逃过了这一劫，不然即使掉不了脑袋，还是免不了牢狱之灾，堂堂清朝大臣沦为列强阶下囚，在他看来实在是比死还要难受。11月11日，荣禄抵达西安，慈禧对他恩宠如故。好事还在后面呢，刘坤一、张之洞、李鸿章、奕劻都向各国公使提出，荣禄在交战期间的行为和刚毅、董福祥等人是不一样的，不能相提并论，他们替荣禄仔细地辩白了一番，荣禄明攻暗保使馆的行为使他保住了自己的性命。
10月11日，李鸿章抵京后，和奕劻一起着手议和，同时将进程及列强的要求电达西安的慈禧裁决，慈禧则事事和荣禄商量。议和的过程和内容我们就不多说了，荣禄对当时的形势还是看得很清楚的，他知道李鸿章和奕劻美其名曰是谈判，其实哪里有什么主动权，只能任人宰割罢了。在接到列强的要求后，他也明白这些条件将使原本国力就很衰弱的中国，彻底地一无所有，可有什么法子呢？在给其叔父的信中，荣禄有这样一番感慨：十二条大纲固无必不能行之事，然按条细绎，则将来中国财力兵力恐为彼族占尽，中国成一不能行动之大痨病鬼而后已，奈何！可怜奕、李，名为全权，与各国开议，其实彼族均自行商定，是日交给条款照会而已，无所谓互议也。然时势如此，实逼处此，不能不为宗社计耳。李鸿章和奕劻希望荣禄在西安催促慈禧尽快同意议和大纲，早日回銮，恢复秩序，慈禧一见议和大纲中没有对她的惩罚，也就放下心来，在与荣禄等人商议后，同意了议和大纲，李鸿章等人于1901年1月15日正式在议和大纲上签字，然后继续与列强商讨细节。
回想起这一年惊心动魄、狼狈不堪、颠沛流离的经历，回想起国家刹那间遭受战乱、京城转眼沦入他人之手，荣禄对载漪、刚毅等人是恨之入骨，说：“恨此辈真甚于恨鬼也。”这里所说的“鬼”，并不是妖魔鬼怪，而是指洋人，近代常以“鬼”称之，所谓洋鬼子是也。
1901年9月7日，辛丑条约十二款正式画押。10月6日，慈禧和光绪自西安起程回銮。1902年1月7日，回到阔别一年半的北京。
荣禄于1903年去世，在1901到1903年这两年间，荣禄除参与议和外，还参与了不少其他事情。
1901年1月29日，清政府在西安下诏变法，是为“清末新政”之始。慈禧认识到，不变法是不行了，于是她决定由自己来主持变法，荣禄对此是非常赞同的。由此可见，并不能因荣禄反对戊戌变法，就断定荣禄是个保守派，实际上他也是愿意变法的，只是要看这个主持变法的人是谁。当朝廷准备回銮时，荣禄还建议慈禧再重申变法自强，他认为，变法一事，关系甚重，朝廷应该再次发布上谕，向天下百姓显示朝廷坚定的变法信念，志在必行的自强决心。慈禧深以为然，于10月2日颁发懿旨，重申变法自强。
1月29日，下诏变法后，朝廷决定设立督办政务处，作为施行新政的中枢机关。荣禄、李鸿章等人被任命为督办政务大臣。
议和期间，官员吴永奉朝廷之命赴各省催解饷，湖广总督张之洞向他提出，战祸实由大阿哥而起，而他现在还留在宫中，何以平天下人心？而且这祸根不除，难保不出意外，应该及早将他遣送出宫。他让吴永回西安后将他的话上奏给慈禧。吴永回西安后，先找到荣禄商议，荣禄表示同意后，他这才向慈禧说明。慈禧嘱咐吴永不要声张，准备在回銮途中再办理此事。1901年11月30日，慈禧废除大阿哥名号，令其立即出宫。其实溥俊还是个小孩，却成为政治斗争的牺牲品，何其无辜！
12月8日，朝廷奖赏有功人员，慈禧颁下懿旨：“荣禄保护使馆，力主剿拳，复能随时赞襄，匡扶大局……大学士荣禄著赏戴双眼花翎，并加太子太保衔。”
此时荣禄已经老且多病，他上疏请求免去他的各项重要差使，以散员身份在朝廷供职，慈禧不同意，说现在百废待兴，他不能置身事外。1903年春，荣禄又以久病不愈，请求解去军机大臣差使，上谕还是不许，要他不必拘定假期，只要病好，就马上入值军机。不久，荣禄病死，是年67岁。
朝廷追赠其为太傅，谥“文忠”，晋封一等男爵。朝廷是这样评价他的：“文华殿大学士、军机大臣荣禄，公忠亮达，才识宏深……翊赞纶扉，竭力尽心，调和中外，老成持重，匡济时艰……方冀病痊入直，克享遐龄，长资辅弼；忽闻溘逝，震悼良深。”
荣禄在遗折中表达了这样的愿望：“方今强邻环伺，伏莽未清，财匮民穷，亟须补救。伏愿皇太后、皇上简任贤能，振兴庶务，惩前毖后，居安思危。新政之当举者必以实力推行，成宪之当遵者毋以群言淆惑。善求因革之宜，驯致富强之效。臣赍志以没，饮恨无穷，未能效犬马于今生，犹冀报衔结于来世。”其对清朝的忠心亦表露无遗。
