对活力门公司案件的审判是分别进行的。首先开庭审理的，是宫内亮治等4人和活力门公司及活力门营销公司两个法人，而把对堀江贵文的审理放在了后面。
2006年5月26日，东京地方法院开庭审理活力门公司董事宫内亮治、活力门财务公司总经理中村长也、活力门营销公司总经理冈本文人、堀江贵文被捕后接任代表董事职位的熊谷史人共四人和活力门公司、活力门营销公司两个法人违反《证券交易法》一案。
宫内亮治、中村长也、冈本文人是与堀江贵文在同一天，即2006年1月23日被捕的。3人被捕后的第二天，完全承认了检察厅的指控嫌疑，供认了决算报告的作假及散布虚假信息的过程，并交代是在堀江贵文的指示、认可下进行的。认罪可谓迅速！以至于有人猜疑，这3人是否已与检察厅达成了什么协议，是否就是他们向检察厅提供了情报？
对于为什么马上就认罪，并说出堀江贵文是主谋，宫内亮治如此解释：1月16日检察厅突击搜查后，他们几个干部就开始商量如何对付，当时他提出要“设法保住总经理，如果检察厅问，你们就说都是我一个人干的好了！”但没想到听到这话的堀江贵文，并没有体谅到他一片忠心，也没有做任何抚慰，反而趁机说：“我可是什么都不知道的，对吧？”原来，堀江贵文早已想好了要把责任推得一干二净！看到堀江贵文这种只顾保全自己的态度，宫内亮治感到“袒护这样的人太傻了！”于是，便向检察厅作了彻底的交代。
宫内亮治被捕时38岁，长堀江贵文5岁。他可算是活力门公司的元老，在堀江贵文创建公司不久，他就加入了进来。他不像堀江贵文善于念书、应考，能考进日本最难考的东京大学，也不像堀江贵文那样能快速地接受新技术，能掌握制作网页的全部技能。宫内亮治毕业于横滨商业高校，也就是学习商业技能的职业高中，他考取了国家税理士的资格。所谓税理士，就是有处理会计账目中有关税务事务能力的人。宫内亮治虽不能像堀江贵文那样编程序来挣钱，但他懂得股票、企业收购以及投资基金等，会让钱生钱。而这些能力，正是堀江贵文所需要的。所以，宫内亮治被委任了二把手的重要地位，主管财务部门和企业收购业务。
中村长也与宫内亮治是职业高中的同学，他进入活力门公司后，便在宫内亮治的直接指挥下，担任了企业收购、出售股票、利润转账等的具体操作。
冈本文人原在一家叫做“里库路特”的广告公司工作，2003年12月到活力门公司任董事，2004年11月出任活力门营销公司总经理，直接参与了活力门营销公司的散布虚假信息、财务报告造假的活动。
3人对指控供认不讳，并表示反省。宫内亮治在法庭上说：“当时只觉得那些做法是‘灰色’的，现在看来，都是无可争议的错误做法。”如此的想法，为他们带来了巨大的收益，也使他们在一年多之后成了被告，还牵连到了一条性命：他们的同事野口英昭在活力门公司被搜查后的第三天，即2006年1月18日自杀了。
野口英昭是活力门公司下属证券子公司的总经理。1月18日11时20分，野口英昭一个人来到了位于日本南部冲绳县那霸市的一家旅馆。这是一家属于“罐式旅馆”型的廉价旅馆，所谓的房间也就只能躺下一个人，像罐子一样，每天的房价仅2800日元，在日本可说是最便宜的了。下午2时35分，野口英昭房间的警报器响了，工作人员赶过去时，只看到野口英昭躺在血泊中，脖子、手腕、腹部都有伤口，身旁有一把刃长10厘米的刀子。野口英昭被送到了医院，但因失血过多，于下午3时45分死亡。警方对现场做了搜查，发现房间没有他人进入的痕迹，初步判断是自杀，但没有发现遗书。
野口英昭当时38岁，2000年加入活力门公司。他与堀江贵文、宫内亮治的关系很好，被委以活力门公司上市等重要业务，2002年6月到“HS证券公司”任副总经理。2004年6月，野口英昭与宫内亮治商量组建了VLMA2号投资事业组合，用4200万日元收购了《金钱生活》杂志社的全部股票。2005年1月，这个投资事业组合把用《金钱生活》杂志社的股票交换到手的活力门营销公司的股票全部出手，赚了8亿日元，之后把钱汇到了活力门公司的账户。野口英昭还参与组建了“JMAM救援1号投资事业组合”，用同样的方法收购了“帝国信用（后来改名为活力门信用）公司”、科由子网公司的全部股票，并且也把与活力门公司股票作交易所得的收益转移到了活力门公司。就是说，野口英昭参与了被检察方指控的“诡计”嫌疑的最关键的活动。
野口英昭为什么自杀？因为没有遗书，很难说清，但要说与活力门公司事件毫无关系，也是不现实的。他的父亲在接受媒体采访时，悲痛地说：“为什么该我的孩子死啊？他是很老实的，老实得都有些傻呀！”当媒体问“现在你最恨谁？”他的父亲毫不犹豫地说：“堀江贵文！”
熊谷史人是4个被捕干部中最年轻的，只有28岁。他原来在一家证券公司就职，后来进入活力门公司，负责决算报告、投资家信息公布等业务，在2005年收购日本放送广播公司股票时，担任了与富士电视台公司交涉的重要角色。他于2月22日被捕，比前面3人晚一些，但同时受审。
熊谷史人否认了检察方的起诉，说自己连“投资事业组合的名字都不知道，更说不上有犯罪动机”。他还说：“检察厅说的根本不是事实。并且还恶意地向媒体散布我们有洗钱嫌疑，这绝不能原谅！”
熊谷史人虽然站在堀江贵文一边，但对堀江贵文推卸责任的态度有所不满。他在法庭上作证说“编造15亿日元的销售额，都是为了填补堀江贵文亲自管理的部门的亏损。堀江贵文是知道这件事的”。
检察方的人故意说：“但是堀江贵文说不知道……”
熊谷史人说：“是真不知道，还是想推卸责任，不好理解！”
检察方又问：“原来你是怎么看待堀江贵文的？”
熊谷史人：“值得尊敬的人”。
检察方又问：“那么现在呢？”
熊谷史人：“对他推卸责任的态度感到遗憾。”
对活力门公司和活力门营销公司的庭审于2006年9月21日结束，检察方提请法院分别判处两公司3亿日元和5000万日元的罚款。对宫内亮治等4人的庭审，于11月22日结束，检察方提请法院判处宫内亮治2年6个月徒刑，其余3人1年6个月徒刑。
2007年3月22日、23日，法院公布了对活力门公司、活力门营销公司、宫内亮治等4人的判决结果：宫内亮治被判处1年8个月的徒刑；中村长也和冈本文人各被判处1年6个月的徒刑，缓期3年执行；熊谷史人被判处1年徒刑，缓期3年执行；活力门公司和活力门营销公司分别被罚款2.8亿日元和4800万日元。
需要蹲监狱的只有宫内亮治1人。法院判决书中指出，宫内亮治具体策划和实施了犯罪活动，虽然揭发了堀江贵文的犯罪事实，且有悔改之意，但责任重大，应当受到徒刑处罚，不能缓刑。
宫内亮治对此不服，提出了上诉。堀江贵文的辩护律师认为，宫内亮治与检察方进行了“司法交易”：用揭发堀江贵文来换取从轻处理。但是，从结果看，宫内亮治并没有完全逃脱惩罚。
对堀江贵文的审判始于2006年9月4日，结束于2007年1月26日，其间进行了27次庭审。宫内亮治等人作为证人数次出庭，提供了很多堀江贵文授意、指示犯罪的证据。
法庭上，围绕着出售公司股票的收益是否能被记成销售收入、宫内亮治等人的证言的可信性、堀江贵文是否指挥造假，展开了激烈的辩论。
堀江贵文开始先否认把出售公司股票的收益作为销售收入入账是违法行为，之后又称“不知道这是违法”，最后看抵赖不过了，就否认自己对假账做过指示。
日本的《商法》及会计制度规定，股票是筹措资本的手段。所以，出售公司股票的收入应作为资本入账，而不能算作销售收入。辩护律师辩称，当做销售收入记账的，不是出售公司股票所得的收入，而是投资事业组合的分红。检察方反驳道，所谓的投资事业组合，实际上就是活力门公司的机构，因而那笔收入不是分红，不应该作为销售收入入账。
面对指控，堀江贵文装出缺乏知识的样子，否认有意犯罪。他说：“我没有这方面的知识，以为可以算作营业收入。”他的言外之意就是，宫内亮治有证券方面的知识，是他指挥造假的。
堀江贵文、宫内亮治是活力门公司的一、二把手，两人经常同时出现在企业收购等的新闻发布会上，显得关系融洽、配合紧密。堀江贵文对宫内亮治很赏识，在他的名为《世界第一的现金流经营》一书中，曾吹捧“宫内亮治最能理解我”。但活力门公司被突击搜查后，两人的矛盾就立刻暴露了出来。堀江贵文说企业收购、财务业务都是宫内亮治一手负责的，而宫内亮治则说都是堀江贵文指示他干的。
活力门公司被突击搜查的次日清晨，当记者向堀江贵文提出“谁是企业收购的负责人”的问题时，堀江贵文明确地回答：“宫内亮治。”宫内亮治也不含糊，被捕后马上就开始揭发堀江贵文，并在法庭为检察方作证。
宫内亮治供认，曾向堀江贵文汇报过2004年9月合并决算中虚报50亿日元销售收入之事，因此，他当然知道这些销售业绩是假的，堀江贵文当时还明确地表示“只有这样干了！”堀江贵文听了十分恼火，反驳说：“我从没有想过编造销售业绩，宫内亮治是信口胡说！”
堀江贵文强调，有关收购企业的业务都是由宫内亮治一手负责的，因为他是财务部门的负责人，有很大的权力，在员工中威信也高，甚至于有人把宫内亮治的照片当做电脑平台的壁纸，而自己常常使唤不动财务部门员工。
为什么宫内亮治等人如此积极地揭发堀江贵文呢？堀江贵文称那是因为宫内亮治、中村长也贪污了公司的钱，害怕被追究，所以才在检察厅的安排下陷害他。因此，宫内亮治等人的证词没有可信性。
宫内亮治、中村长也承认拿了公司的钱，但称那只是“借用”，并且这也是经过了堀江贵文同意的。这里所说的钱，是指他们出售股票所得收入的一部分，总共2.6亿日元。这笔钱由中村长也转到了野口英昭的公司账户里。中村长也说：“出售股票的方法是野口英昭设计的，在堀江贵文同意之下，这笔钱作为给野口英昭的报酬汇了过去。而自己经得野口英昭同意后，从中借了4000万日元，与宫内亮治平分了。”堀江贵文否认他曾经同意。但这事不是此次审判的对象，所以法官也没有追究，双方各执一词，不了了之。
检察方认为，宫内亮治等人的证词值得相信，同时还从犯罪动机、方法等角度论证了堀江贵文在整个案件中的主谋、指挥地位。
检察方指出，堀江贵文于2005年出售了一部分个人所有的公司股票，共得140亿日元，用其中的70亿日元组建了“堀江激情基金”，剩余的用来购买飞机携女友旅行、投资宇宙航空事业等。检察方分析，堀江贵文设法使自己的股票升值，其目的就是为了赚取更多的钱以满足自己的欲望。堀江贵文对如此说法十分恼火，当庭斥责检察方“完全是猜测！”“太无耻了！”
检察方根据堀江贵文的总经理职位，论证他对整个活力门集团有统一指挥权。堀江贵文对这种论证方法嗤之以鼻，说：“这不符合事实。我们又不是军队。”他强调自己仅对媒体事业部等业务比较了解，并没有统一管理过整个集团的业务。
检察方问：“你不是CEO吗？”
堀江贵文回答：“那是因为信息行业流行这种称呼，也就随大流叫了，没有什么大不了的意义。”
检察方问：“你作为总经理主要工作是什么？”
堀江贵文回答：“如果能让我连续说30分钟，我就说。要不行，你们就自己去查吧！”
检察方又问：“子公司与母公司有什么关系？”
堀江贵文说：“你们的问题太长了，我记不住！”
检察人员恼火了，板起脸来厉声厉色地训斥：“现在是被告接受询问的时间，你应该认真回答！”
检察方嚷了也就嚷了，堀江贵文根本不理睬，因为被告有沉默权，可以不回答提问。
作为堀江贵文指挥造假的证据，检察方向法庭出示了搜缴到的电子邮件。活力门公司不愧是信息产业中的精英，公司内部已完全实现“办公自动化”、“无纸化”，信息传递大都是用电子邮件，而不是用纸张。以往的搜查中，要从白纸黑字的资料中寻找蛛丝马迹，而如今，储存在个人电脑、服务器中的电子信息则变成了不可忽视的重要线索。
搜查人员发现，在活力门公司的假账制作过程中，部下给堀江贵文发送过许多电子邮件，在庭审中，检察方出示了企业收购业务负责人给堀江贵文的电子邮件，但堀江贵文却说：“我没有读过这些邮件！”一口否认参与了造假过程。当然，如果法官认为这些电子邮件可以作为证据的话，即使被告否认曾经阅读，也不妨碍证据的有效性。
堀江贵文在整个审判过程中，对检察方的指控一概否认，对检察人员的刻薄提问，也毫不示弱。但是，倔犟的堀江贵文在最后一次庭审时，却流下了眼泪。
2007年1月26日，审判进行最后一次庭审。辩护律师提出了长达500余页的辩护书，用两个小时对其重点做了说明，再次强调被告无罪，检察方面指控的罪状皆不成立。他们认为，堀江贵文在2004年8至9月份指示部下捏造销售收入的事实不存在；在所谓的编造假账中使用的投资事业组合，不是检察方所指控的假公司；检察方作为重要证据所指出的“2004年10月四人会议”，根据有关人员的证词根本就不存在；为检察方提供证词的宫内亮治等被告，因为害怕追究他们的贪污罪，编造了符合检察方意图的证词，不具有可信性。
堀江贵文最后进行了约10分钟的陈述。开始时他还是比较冷静的，他说：“检察厅从未向我了解过任何情况，直接就逮捕。他们早就下定决心要置我于死地。检察厅是有起诉权限的国家机关，如果用这种做法来办案，又怎么能让人安心搞事业呢？这样下去，在经济界搞创新的人只会越来越少！”他越说越激动，最后竟泣不成声，与平时快言快语，豪气十足的他判若两人。他呜咽着，像个受委屈的小孩：“他们说一定要把我送进监狱。太可怕了！十几年来，我一直在为公司、股东、社会尽力工作……”他说不下去了，静静的法庭里只听见他的抽泣声。检察官们不动声色，而辩护律师们激动地看着他，有人的眼眶里盈满了泪水。
做过检察官的首席辩护律师事后如此评说堀江贵文的眼泪：“那是无辜者希望获得法官理解的眼泪。利欲熏心的人不可能留出那样的眼泪。他是检察厅的牺牲品。检察厅编造了一个子虚乌有的故事，为了自己的威信，硬把堀江贵文说成罪人！”
有关堀江贵文的法庭斗争到此结束了，剩下的只是法官的判断了。
审判结束了，获得保释的堀江贵文似乎又回到了过去，他又开始出现在电视、报纸等媒体上，依旧是那么自信、健谈，他甚至还外出旅游了一次。
宣判的日子到了。
2007年3月16日清晨，东京下起了小雪。9时，天气转晴了，虽然已是春天，已能看到一些早开的樱花，但却因为突然而来的小雪，气温下降到8℃，颇有些寒意。
堀江贵文与辩护律师们乘车来到了东京地方法院门前，他的上衣敞开着，也没有系领带。这时，法院门前已聚集了数百名记者，天上盘旋着媒体的直升机，对堀江贵文步入法院的几十米路程进行现场直播。
稍后，特别搜查部的3名检察官也来到了法院门前。其中一个人掂着公文包，另外两人手里则掂着包袱。包袱，这种最原始，但也最方便的携带工具，在生活用品极为丰富的日本，仍然有不少人爱用它。别看那薄薄的包袱皮，它可简单地把形状各异的物品囊括其中，又可轻松地把囊中之物抖搂出来，十分方便。在至今为止的27次庭审中，检察官们就是用包袱装着堀江贵文的罪证，在法庭上一件件地抖搂给法官看的。而今天，法官则要对检察官们包袱里的证据是否有效，作出决定性的判定。
10点整，开庭。法官传被告堀江贵文上前听取判决结果。堀江贵文站起身来，慢慢地走向位居法庭中央的座位。
法官首先宣读了判决书的结论部分，认定堀江贵文犯有违反《证券交易法》的罪行，犯罪事实为：
（1）堀江贵文与宫内亮治等人合谋，使用诡计、散布谣言，将活力门营销公司的股价提上来之后抛售。2004年10～11月，堀江贵文宣布收购《金钱生活》杂志社，而这家公司已被其下属的投资事业组合所收购，他还宣布把活力门营销公司的股票1股分割为100股，这些消息促成了活力门营销公司股价的快速上涨，而他将股票抛售后获得了巨额利润。
（2）在有价证券报告书上作假。堀江贵文与宫内亮治等人合谋，在2004年9月的集团合并决算报告的销售收入中，记入了出售公司股票所得的37亿日元和凭空编造的15亿日元。这样，原应该为近3亿日元的亏损，变成了约50亿日元的盈利。堀江贵文将这份内容虚假的有价证券报告书提交给了关东地区财务局。
根据这些犯罪事实，法院判决堀江贵文2年6个月的徒刑。
堀江贵文双手交叉放在腹前，直立不动地听着。听完结论后，他扭过头向律师们的座位看了看，脸上露出了无可奈何的苦笑，也许是因为激动，脸颊上出现了些许红晕。接过装着判决书的大信封后，他走回到被告座上，轻轻地叹了一口气，坐了下去，一边听审判长宣读，一边来回地翻阅着那厚厚的判决书。
法官宣读判决书用了约2个小时。这之间，堀江贵文时而愤怒地盯着法官，时而翻弄着那厚厚的判决书，或向天花板、旁听席张望。终于，他坐不住了，举起了右手，大声说：“法官，我身体不舒服，请允许我去一下卫生间！”法官愣了一下，同意了他的要求，中断了宣读，待他回来之后，才继续进行。这种事在法庭上是很少有的。
仅因为违反《证券交易法》就被判处不带缓期的“实刑”，这几乎是没有先例的。对于为什么做如此重判，判决书指出，尽管大部分的犯罪行为都是宫内亮治策划、实施的，不能说堀江被告起了主导作用，但他是集团企业的最高领导，有着绝对的权利，没有他的指示和认可，其他人是不可能做出那些违法行为的。并且，堀江被告丝毫没有上市企业经营者所应有的觉悟，根本没有考虑到投资者的利益，在庭审中也没有对因他的违法行为而遭受巨额损失的股东们做出任何道歉，没有丝毫的反省之意。
有罪，并且是不带缓期的实刑判决，让堀江贵文甚感意外。他从开始审判到最后，一直坚持自己是无罪的。对检察方的指控，他反驳说是“编造”，是因为他过于出名、有些张扬，检察厅有意找他的茬。他还把责任都推到了宫内亮治身上，说自己“太信任部下”了，没有想到他们会违法。对宫内亮治等人的证词，他反咬一口，指责宫内亮治挪用公款，为逃避追究，才按检察方的意图来作证陷害他。
堀江贵文的律师对这个判决结果更感意外。首席律师曾在检察厅干过检察官，他认为这次起诉完全没有道理，坚信自己会打赢这场官司，至少不会得到不带缓期的“实刑”这样的结果。但判决结果完全出乎意料。首席律师十分气愤，说：“这个判决太令人遗憾了！竟然对那样不确切的证据给予了认定！而且，对这种案子判实刑，是违反常规的！”
对于这个判决，堀江贵文及其辩护律师表示不服，决定上诉。
堀江贵文一案的审判长是小坂敏幸，51岁，被认为十分精干。他在东京法院首先实施了“审理期间整理手续”制度，要求原告、被告双方在庭审之前先提交证据，确定庭审辩论主题。这可以避免双方在庭审时纠缠不清，拖延审理时间。通过这种制度，他创造了庭审3次便判处抢劫杀人犯无期徒刑的纪录。像这样的审判速度，在日本司法界是少有的。在审理堀江贵文一案时，他也只用了7个多月的时间。堀江贵文碰到了他，可以说是“很不走运”。
但这个审判长似乎对堀江贵文尚存姑息之情。那天他在法庭里，演出了十分罕见的一幕。
判词宣读完毕后，审判长并没有立即宣布闭庭，而是要求堀江贵文再次走到法庭中央，对他说了一番极富有人情味的话：“最后想对你再说几句话。在审理这个案件期间，收到了一些来信。其中一封是一名残疾人的母亲写来的。”堀江贵文一动不动地听着。
这个残疾人是个年轻人，他对堀江贵文如此年轻就创建企业、股票上市、获得成功的事迹十分崇拜，并大受鼓舞，克服身体障碍，努力打工，攒钱购买了活力门公司的股票，现在还一直持有着。
审判长介绍完信的内容后，说：“希望你不要忘记有一个年轻人曾被你的事迹所鼓舞。这次审判并没有否定你的全部。今后你要好好地赎罪，重新发挥自己的能力，开始新的事业。”
堀江贵文深深地低下了头，向着审判长鞠了一躬。那个年轻人手中的活力门公司股票，因为被停止上市交易，已经失去了市场流通价值，但活力门公司还在，仍有私下转让、分红的可能性。如果堀江贵文重新崛起，说不定将来还会使其股票再次上市，一路飙升，给那些被套牢的股民们一个惊喜。
2008年7月25日，东京高级法院做出了二审判决：维持一审的2年6个月徒刑的判决。堀江贵文表示要继续上诉，并要重新雇用律师，为自己的无罪做最后一次拼搏。因为原来的律师既然无法说服一审、二审的法官，因此能得到终审法官的赞同的可能性也就很小了。
活力门公司事件，不仅堀江贵文等当事人被审判，为该公司财务报告做审计的会计师也被判了刑。
活力门公司的财务报告，按规矩都要由会计师审定。所以，如果内容虚假，会计师就要负责任。为活力门公司做财务监查的，是一个叫港阳监查法人的会计事务所。2006年1月17日，检察厅搜查了港阳监查法人，22日又传唤了相关的会计师。
检察厅最后锁定了小林元、久野太辰两人，他们先后负责活力门公司的财务报告。2003年9月之前，小林元负责活力门公司的财务报告。2003年12月，小林元辞职到“通用咨询事务所”作了全权代表。而这个事务所的老板就是活力门公司的董事宫内亮治。
在2004年9月财务报告的制作过程中，小林元根据宫内亮治的指示，把预定收购的科由子网公司的8亿日元存款，作为销售收入转到了活力门公司的账户下，编造了业务交易的资料，还制作了活力门公司下属投资事业组合的决算报告。
2004年9月后，久野太辰接替小林元，对活力门公司财务报告监查，具体参与了2004年9月财务报告的造假活动。
东京地方法院于2007年3月23日对两人作出了判决：久野太辰被判处10个月的徒刑，小林元被判处1年徒刑，缓刑4年执行。
判决书指出，两人在活力门公司2004年9月的决算报告作假事件中，与该公司经营者共同策划，具体参与了犯罪。身为会计师，但两人完全没有履行社会所赋予的监查职责，反而帮助堀江贵文等人编造出虚假的决算报告，欺骗了广大的投资者。并且，两人还利用专业知识，为堀江贵文出谋献策，掩盖作假行为，性质实属恶劣。
为什么久野太辰被判处实刑，而小林元却被判处缓期执行呢？法官解释说，因为在2004年9月的财务报告上签字的是久野太辰，虽然小林元在2004年以前负责监查活力门公司的决算报告，并且也参与了造假，但他2004年后已不在会计事务所任职了，也没有签字，所以虽然有罪，但程度稍轻些，于是就被免除了牢狱之苦。久野太辰对判决表示不服，提出了上诉，该案还在审理中。
在日本，会计师因为做假账而被判处实刑的，这还是第一次。
