当前用于观赏植物近距离运输的工具主要是卡车及船运，海上船运或卡车运输比飞机运输更经济，但需时较长。较长期运输的问题与长期贮藏相同，如叶、花褪色，脱落，花苞不能开放，疾病的快速发展与传播等。
保持盆栽植物的品质和种植条件与运输过程密切相关。在种植因素中，最重要的是光照与施肥。种植时，盆栽植物暴露在高水平的光合强度下。在运输及出售时，光照强度通常低于光补偿点。对观叶植物，低的光强导致叶褪绿、脱落，同时降低碳水化合物和叶绿素含量。低光强时，如温度适宜，损害可部分避免。
对长距离运输，植物需有非常好的品质，根系应无害虫。植物应在运输前一天浇水，冷藏室的相对湿度保持高于90％以防植物退化。
盆栽植物在可控环境内运输，应保持温度稳定，空气循环及通风。将其包装在箱中，并放入敞口卡车上运输，这种方法也常用于运输较大的盆栽植物。一些植物对物理损伤抗性较大，可采用水平放置运输或装入条板箱中运输。一个相对新的方法是裸根运输，由于去除运输介质及容器，运输费用大大减少，可减少超过50％的运输空间及重量。这种运输法也用于水培法生产的植物，以符合一些国家制定的卫生要求，防止土传病原体的传播。
长途运输前，用乙烯活性抑制剂处理植物，可减少乙烯的危害。对一些植物，用萘乙酸处理，还可减少各种植物器官的脱落，起到了萘乙酸与乙烯活性抑制剂的协同效果。完全开放的花比花苞期的花对乙烯更敏感，因而，观花的盆栽植物在花苞期运输是非常重要的。
在国际市场上，盆栽植物俏销，经常远离产地销售，因而需运输。对一些观花的盆栽植物，贮藏可延迟开花，以满足特殊的节日需要（如百合）。
