毛泽东不肯决裂、蒋介石不敢决裂，国共只好走毛泽东预设的既团结又斗争的路。毛摆好棋谱，请蒋来下，蒋自非对手。蒋虽在军事上占优势，却在政治上处处被动，退居劣势，难怪蒋在1940年3月9日记道：“唯共产党作祟为可恨耳。”（《蒋总统秘录》，第2692页）蒋谴责中共拥兵割据，反动无异于封建军阀，毛一点都不会脸红，因为中国仍甚封建，要革封建的命，就要有军队。所谓“枪杆子出政权”，毛本学自蒋。毛说过：
过去十年的蒋介石是反革命的。为了反革命，他创造了一个庞大的中央军。有军则有权，战争解决一切。这个基点，他是抓得很紧的。对于这点，我们应向他学习。（辛子陵《毛泽东全传》第二册，第323页）
西安事变之后，国共合作已如弦上之箭，但蒋介石始终不喜欢“国共合作”的提法，因这种提法根本把国共对等起来，平起平坐，然而他根本不承认共产党是合法的政党。他不要联共，而要“溶共”，要把共产党合并于国民党，犹如军队之收编，化掉以后，实现一个党、一个主义、一个领袖的理想。所以周恩来虽一再向蒋表示国共合作的诚意，蒋总是大咧咧地回答说：“不要提国共合作，只要提与我合作就行了！”（参阅严如平、郑则民《蒋介石传稿》，第293、363页）
从卢沟桥事变到武汉弃守，蒋介石忙于应付凶猛的日军进攻，尚无余力来对付共产党，国共之间几乎没有什么摩擦。值得注意的是，蒋毛对付日军进攻的战略，已见其异。蒋打的是正规的阵地战，兵力不易集中，面对敌人强大优势的火力，常陷于被动挨打，付出惨痛的代价，导致一泻千里的大溃退。毛打的则是运动战，发动广大人民群众打游击。朱德、彭德怀等共军将领，掌握机会，深入敌后，建立愈来愈多的抗日根据地，包围敌人占据的都市与交通要道，易于扰敌，而不易被敌所歼。蒋之正面作战与毛之游击战，可谓国共两党抗日的战略配合。此外，在抗战初期，国共在战役上配合，赢得平型关之战的一场胜利。1939年的9月里，日军第五师团长板垣征四郎决定突破长城防线，进兵山西，向平型关一带进攻。9月22、23日两日，展开血战，傅作义奉第二战区司令长官阎锡山之命增援，而共军第一一五师由林彪率领，拊平型关敌军侧背。林彪的机动灵活战术与傅作义正面主力防御，配合得很好，利用有利地形，设置埋伏，以待进犯之敌。25日早晨，一支日军辎重部队进入伏击圈，立遭痛击，被截断首尾。至翌日中午歼敌千余，并切断日军交通，有力支援了傅作义的正面反攻，使日军第二十一旅团陷入重围。9月30日，因板垣大举增援，各部撤离战斗。这一仗可谓国共联合抗击日军的第一仗，也是最后一仗。
从平津、淞沪，到南京失陷，中国军民虽然牺牲惨重，但抗敌的英勇确实可歌可泣。1938年9月29日保卫武汉期间，毛泽东特别托周恩来给蒋介石一封亲笔函，向蒋“领导全民族进行空前伟大的革命战争”，表示崇仰。同时鼓励蒋“团结全民，巩固与扩大抗日战线，坚持持久战争，动员新生力量，克服困难，准备反攻”。信中一再强调团结，并提醒蒋警惕敌人破坏团结。他相信“国共两党之长期团结，必能支持长期战争，敌虽凶顽，终必失败”（全函见《蒋总统秘录》，第71页），十分明显地表达了两党长期合作的愿望。
武汉失守后，抗战进入相持状态，蒋介石的注意力遂转移到共党问题上来。同时，仍在继续秘密进行蒋日和谈，“共同防共”一直是日方必要条件之一。然则，对付共产党成为蒋介石的一石双鸟之策，既可满足除去心腹之患之心理，又可展示对日和谈的诚意。1939年元月，在重庆召开的国民党五届五中全会上，内政的主要议题便是“整理党务”。蒋介石在会场上做了报告与讲话，呼吁“唤醒党魂”，目的是要国民党警惕各地共党竞起的“艰险”，以强化国民党，并于会中通过决议案，确定“防共、限共、溶共”方针，专门设置了“防共委员会”。为了强化党，大会又决议设置国防最高委员会，以蒋为委员长，独裁党政军大权。会议开过之后，遵从会议的精神，制订了一系列对付共产党的办法，诸如《共党问题处置办法》、《沦陷区防范共产党活动办法草案》、《第八路军在华北陕北之自由行动应如何处置》、《异党问题处理办法》等。（见《国民党五届五中全会记录》）抗战十五个月之后，国民党再度确定了反共方针，虽不似1927年清党之剧烈，但毛泽东所希望的长期团结与国共合作，自然是虚有其表了。
同年3月，蒋介石又设立了精神总动员会，自兼会长，制定《国民精神总动员纲领》，提倡“精神之改造”，其中所谓“分歧错杂之思想必须纠正”（见重庆《中央日报》1939年3月22日），矛头显然指向中共及共产主义。5月，蒋亲自在重庆主持精神总动员誓师大会及游行。从表面上看，全国精神总动员为了抗日救国，然观其要人民“行大孝”“尽大忠”，而以三民主义为名，行一人一党独裁之实，达到“军政军令及行政系统之统一”等，则骨子里“防共”实甚于抗日。益知抗战战场上呈现退守局面后，蒋介石已将重心由抗日转向“防共”矣。
这一年的11月下旬，周恩来在延安受伤，电请重庆航空委员会派飞机送莫斯科治疗，但航委会无机可派，结果延安请莫斯科派飞机来迎。蒋介石闻之甚怒，“责令航委会一定派机去接送，不许苏联机来迎”。（见唐纵《在蒋介石身边八年》，第103页）航委会起初不肯派机，岂非秉承蒋的意志及见“偷鸡不着将蚀把米”，乃大发脾气，责令派机，何前倨而后恭也这件小事足见蒋氏心事之大。
小事之后，即有大事。同年年底，蒋介石就命令胡宗南东自黄河西至甘肃西峰，构筑堡垒群，犹如第五次“围剿”的工事，以包围陕甘宁边区，企图进取延安。朱德、彭德怀对蒋之军事进攻，做政治性的反击，通电全国，指责枪口对内。（电文见《国民参政会实录》上册，第724—725页）1940年3月初，中共十八集团军（八路军）参谋长叶剑英到重庆参加会议，报告国共摩擦事实的原因，但蒋介石听后，避而不答，“一字不提”。（见唐纵《在蒋介石身边八年》，第719—720页）到4月间，蒋主持国民参政会一届五次会议，才由何应钦做军事报告，指责延安自组政府、擅设银行、发行纸币、扩充军队，造成割据，以为“严厉制裁”的依据。国共关系至此，自然日见恶化，山西、河南一带竟发生大规模冲突，中共乃发动政治攻势。蒋既无法决裂，最后只好命卫立煌与朱德在洛阳谈判。朱德提出共产党合法化、保护《新华日报》、释放被捕中共人员、停止进攻共军等要求。这些要求合情合理，蒋虽不可能接受，然在政治上已使他甚感被动的压力。但他绝不罢休，命陈立夫拟具对策，约有三项：
第一，统一党内同志对共产党问题之认识，使共党无所施其挑拨离间之技。第二，建立军事政治根据地，以防范共党势力之蔓延，并进而逐渐缩小其占据区域（如鲁冀边区、陕北边区等）。第三，根绝共党在后方各省之活动。（唐纵《在蒋介石身边八年》，第134页）
蒋介石按此方案，于1940年7月中旬提出“提示案”，亦做“防止案”，要点有四：其一，将陕甘宁边区改称陕北行政区，限十八个县，暂隶中央政府行政院管辖；其二，取消冀察战区，划定第十八集团军及新四军作战地区，并入阎锡山的第二战区，以朱德为副司令长官，秉承军事委员会命令，指挥作战；其三，命十八集团军及新四军于一个月内，开往规定地区之内；其四，第十八集团军准编为三军六师、五个补充团，新四军准编为两个师。（参阅蒋介石《苏俄在中国》）其目的显然想要严格规范共军活动区域与兵力，而后加以防堵。然而在抗战期间，又如何来阻止红军的抗日，特别是敌后的活动此时国际局势更加不利，越南、缅甸均遭封锁，使重庆更为孤立。不少人主张重新揭举孙中山三大政策，联苏联共，朱毛也通电做此要求。（见唐纵《在蒋介石身边八年》，第143页）但蒋宁愿走另外一条路，暗中积极进行蒋日和谈（参阅本书前一节），国共间矛盾更趋紧张。
1940年10月19日，共军正在进行百团大战时，蒋介石忽命何应钦、白崇禧联名向共军首领发出皓电，指责共军不守战区范围、自由扩充、不服从中央命令、不打敌人而并吞友军。据此限令第十八集团军与新四军于一个月内开到黄河以北地区，非奉命不得擅自越出地境线外。蒋介石真正的心病则是，新四军所占地盘是苏、浙、皖三省的战略黄金地区，一旦战争结束，华东重镇很可能落入中共手中，当然严重关切，一再跟驻渝中共代表周恩来交涉，要新四军搬家。（参阅孟绝子《蒋介石的报应——顾祝同大屠杀的结果》，第1—10页）一个月后，朱德等共军将领发表佳电，一面揭露反共阴谋，向国民党做政治攻击；另一方面表示愿将新四军开往长江以北，向国民党做军事让步。蒋遂于12月9日以委员长命令发布手令，准予宽展时限，令江南之新四军限于同月31日前开到江北地区，明年1月30日开往黄河以北地区。在黄河以南之第十八集团军则限于12月31日开往黄河以北。（手令原迹见《苦心孤诣坚苦卓绝》，第224页）可见蒋介石处心积虑要把所有共军都赶到黄河以北去。到1940年12月下旬，江南的新四军十万人马已大都北移。
然而当剩下的新四军军部及三个支队共约九千余人准备北移时，如按照顾祝同画好的路线，就会走入日军重炮的虎口，于是周恩来向蒋要求改变路线，蒋佯允之，然而于1941年元月6日行至茂林一带时，突遭蒋介石嫡系部队，由顾祝同、上官云相所辖的八万余众围歼，血战七昼夜之后，仅两千余人突围，其余四千余人或死或俘。军长叶挺被俘，参谋长（应为副军长、政委——编者）项英遇害。斯即轰动一时的“皖南事变”。
本来在两年多前，毛泽东从军事和政治上大处着眼，早已指示新四军尽快深入敌后，开展独立自主的游击战争。周恩来还于1939年2月亲自向新四军传递“向南巩固、向东作战、向北发展”的方针。1940年9月19日，中共中央望叶挺、项英“率部迅即渡江，增援皖东”。三天之后，朱毛又再度电催。但项英舍不得已经建立的根据地，一心想“株守皖南”。当蒋介石、何应钦、白崇禧等急电如火、磨刀霍霍，毛泽东更促叶、项尽速渡江，以皖东为根据地。皓电发后，毛更明言：“如留皖南，须准备打内战，并蒙受政治上不利，望考虑。”（引自黄开源等撰《皖南事变及其历史教训》，《安徽师大学报》（1981）三，第20页）叶、项虽于10月中旬派一个挺进团北上至无为，但仍下不了北移的决心。项英仍屡向中央列举北渡的困难。同年11月24日，延安又致电叶、项：“你们必须准备于12月底开动完毕。”11月30日，毛又电令叶、项：“现在开始分批移动，12月底移完。”新四军到12月3日才开始移动部分非战斗人员，完全不知情况紧急，还梦想要国民党发饷弹后再开动。最后毛泽东在12月26日复电中，严厉批评项英，其才于两天后立即北移，但又选择了错误的北上路线（详阅同文，第21—22页），更加延误时机，并坠入国民党军队的包围圈之内，于1941年元月14日被歼。
蒋介石本来就想借故消灭新四军，于发布限期北移手令之翌日，即密令顾祝同部署，若该军“不遵令北渡，应立即将其解决，勿再宽容”。（见《皖南事变资料选》，第402页）12月25日又密令顾祝同、上官云相：在行动中要特别秘密、迅速，彻底消灭新四军，不使漏网。1月8日，顾祝同又密令上官云相，“务严令包围于现地区，限电到十二小时内，一鼓而歼之。”（原件藏南京二档馆）叶挺、项英不明形势，犹豫不决，不仅坐失突围的时机，保住实力，而且正中蒋计，惨遭歼灭。
