胡佛的控制欲望使得他对卧底行动产生了怀疑。那种让特工带着假胡须，穿上便装潜入黑手党家里或是恐怖主义分子住宅的想法，会让胡佛感到非常不安。特工每天都得向总部汇报情况，执行任务的时候也要驾驶局里的车子—就是那种很容易被发现的，标准配置的福特轿车，顶上插着收发两用的无线天线。
与胡佛时代的做法相反，威廉·韦伯斯特时代的联邦调查局，更多的是长期潜伏的任务。
“这项行动是胡佛时代结束后得到大力发展的。这种长期卧底的调查就是派遣特工去发掘那些顶级的犯罪秘密，他们可能就是黑手党的一员。”西恩·麦克维尼说道。从1979年至1986年，西恩一直负责总部有组织犯罪部门的工作。
在20世纪90年代，联邦调查局成立了一个潜伏行动小组，代号为“短堆栈”，目的是为了执行一些秘密的任务。
“我们为特工准备了一整套的东西，包括化名的社保号码、驾驶执照、护照以及工作内容。”麦克·瑞驰说道，他领导这个小组直到2003年。
现如今，联邦调查局的这类调查安排已经超出了之前的范围：如果卧底的特工不参与吸毒就会被揭穿真实身份的话，那么他们该做什么就得做什么。一旦他们报告吸食了毒品，在接下来的几个月内他们需要一直进行测试，以确保他们没有上瘾。如果胡佛知道这样的事情，估计在棺材里也没法瞑目。
20世纪70年代中叶，为了跟踪嫌疑犯进行监视，联邦调查局组建了特别支持小组（SSG）。就是后来为人所知的Gs，这个小组里的成员通常都是执行反情报任务，都是些拿着低薪，而且没有配备任何武器的监视人员。他们可能是跑步锻炼的路人、无家可归者、溜冰人、牧师、卖冰淇林的小贩、邮差或者秘书。在他们跟踪或监视的过程中，他们都与其他人保持着通畅的联系。当驾车的时候，他们可能会超过嫌疑人，或是跟他并排开车。为了迷惑嫌疑犯，他们还可能会经常改换车辆。有些时候用“护卫舰”，有些时候则是一辆破车，更有时候可能会是推土机、公交车或是冰激凌售货车。
在来电显示还未发明之前，如果是一次紧急的任务，瑞驰总是会让当地的电话公司提交一份关于来电电话的清单。这类清单通常扮演了破案的关键角色，其中就包括约瑟夫和贝弗利·吉普森谋杀案。1987年12月24日，特拉华州何泽利特维尔，吉普森一家在房车中被枪杀。他们刚出生9天的孩子马修也无故失踪。
就在枪杀案发之前，住在房车附近的约瑟夫·吉普森的父母，接到过至少两个电话，都是一个女人打来询问如何才能找到房车的位置。来电的女人说她在吉普森太太生产的医院里见过该夫妇，所以特别想来拜访他们。
瑞驰立即询问电话公司是否可以把打给这对老夫妇的以302作为区号的电话号码提交给警察。
“他们说：‘我们做不出那样的调查报告。’”瑞驰说着，“我说：‘但是这些信息不是你们账单的一部分么？’”
经过一番努力之后，电话公司答应开发一个电脑程序，能够直接分离出这类信息。打给马修祖父母的电话正是理查德·林奇和乔伊斯·林奇的家里电话。联邦调查局发现乔伊斯·林奇告诉她的父母自己已经怀孕了，而实际上她根本没有孩子。而在圣诞节前，理查德·林奇告诉他的朋友和家人，他的太太生了一个男孩。林奇夫妇俩绑架了马修，就因为他们需要一个男孩去帮他们圆谎。
枪杀案两周之后，林奇夫妇被逮捕，因谋杀罪获刑。马修也最终回到了祖父母身边。
20世纪70年代末期至80年代早期，在韦伯斯特的任期内，国会甚至都成为联邦调查局的调查目标。在华盛顿一幢租借的两层楼房子里，一名执行“阿不思坎”任务的卧底特工告诉几名国会成员，一名阿拉伯酋长正在寻求政治庇护。后来，特工们把国会成员出卖立法权利，收受现金的过程录了下来。包括新泽西州的议员哈里森·威廉姆斯在内的7名涉案国会成员最终都被绳之以法。与胡佛时代，威胁敲诈国会成员不同的是，在韦伯斯特时代，联邦调查局将这些不干净的国会成员都送进了监狱。
除了查办国会成员，联邦探员们还在拉斯维加斯与那些有权有势的官员们进行了较量，这其中就包括内华达州地区法院大法官哈利·克莱伯恩。1983年12月，哈利被指控收受贿赂、阻碍司法以及假报个人收入退税。最终因为偷逃个人所得税获刑。正当联邦调查局对克莱伯恩展开调查之际，另一位内华达州的国会议员也即后来的参议院多数党领袖哈利·瑞德，要求面见韦伯斯特，了解为什么联邦探员要对克莱伯恩跟踪调查。
当时被委派执行国会和公共事务相关任务的联邦特工沃特·斯特韦，处理了这个请求，并安排了一次会议。
“这次会议虎头蛇尾。瑞德针对克莱伯恩的调查提出了一些简单的问题，而韦伯斯特告诉他与一名国会议员讨论这个案件的细节似乎有些不妥。”斯特韦说道，“这次会议给我最深的印象就是韦伯斯特微妙地给瑞德上了一堂政治课，而且郑重表明联邦调查局局长是不会屈从于任何政治影响的。”
然而，后来韦伯斯特被提名为中央情报局局长时，瑞德成为唯一个投反对票的人。克莱伯恩于1984年因逃税获刑，被判了两年的牢狱。他由此成为半个多世纪以来，头一位被强行免职的在职联邦法官。
韦伯斯特，没有年龄特征的面容、薄嘴唇、高额头，被认为是一位极其有技巧的行政长官。他选用那些出类拔萃的人才，让他们运作联邦调查局，但是总能把他们训练得服服帖帖。韦伯斯特一再强调如果他们总是对他避而不谈遇到的问题，那么特工们只会有更大的麻烦。如果韦伯斯特认为某一个特工没有跟他交代实情或是没能做好功课，他的音调就会升高，他的眼神就变得异常严肃。
“在其中一次高管会议上，大家开始给韦伯斯特介绍最新的近况，”威廉·盖文介绍道—威廉后来成为韦伯斯特手下的助理局长，“在他掌握所有情况之前，他通常不会让他们说上17秒。他的眼神会对你发出简洁明了的信号。我可不希望那样的事情再次发生在我的身上。就像父亲给我安排的一项任务。我不想再让他老人家失望。他能看穿局里的每个细节。人们会突然间意识到，‘如果我们不知道答案，就应该告诉他我们不知道答案’。”
在韦伯斯特执掌联邦调查局的日子里，除了取得以上的那些进步之外，胡佛时代的条条框框也逐步瓦解。曾经流传过这样一个故事，一名纽约联邦探员从办事处出来，去一家熟食店吃午饭，这家店就在第三大道与69街交叉口附近。探员认为这家熟食店应该是一个专为联邦特工和警察提供用餐折扣或是给予更多食物的商业机构。他点了一份烤牛肉三明治，然后就站在一旁看着餐厅服务员处理食物。熟食店的员工将食物送到特工面前。但是让他十分失望的是，这个三明治看着跟其他烤牛肉三明治没什么两样。他随即出示了自己的工作牌，说道：“联邦特工，多加一些烤牛肉！”
这个故事迅速在整个联邦调查局流传开来。从没有一个故事能像这个故事一样如此“深入人心”。当特工们出现不满情绪的时候，他们就会说：“多来点烤牛肉！”当他们给长官汇报工作需要出示证件时候，他们会说：“我把他‘烤牛肉’了！”
这个故事极有可能是真实的，但是它之所以能够如此吸引特工的注意力，主要是因为它深深触动了特工们的心—做一名特工到底意味着什么。联邦特工们拥有令人羡慕的“权力”。他们被允许携带武器，能够开枪扫射；他们能够剥夺嫌疑犯的自由，并将坏人绳之以法；他们能够窃听私人电话，拍摄发生在房间里的一切；还能传讯目击者在大众陪审团前出庭作证，打开邮箱查阅信件内容，获取电子邮件和电话记录，以及审核个人税收退税情况。
通过查询文档，他们可以找到最具破坏力的个人信息；通过出示他们的证件，他们可以避开机场安检，在飞机上持有武器，免费进入电影院，非法停车还不会被罚。但是，如果不是执行国家的任务，没有适当的授权，以及法庭的许可，他们只不过就是普通的市民。在熟食店“出示证件”就为了获得更多的食物，这从根本上就违背了联邦调查局的信条。
当决定特工的去留问题时，韦伯斯特的办法太过于仁慈，总是试图为犯错的特工寻找开脱的口实。韦伯斯特的任期内，篡改审讯报告、私自使用局里获得的情报信息、行政闻讯过程中撒谎等等这些行为都不足以成为解雇特工的原因。这让给予联邦调查局极大信任的公众倍感失望。
当涉及到诚信问题时，标准就不应该妥协—韦伯斯特手下的前任副局长巴克·瑞威尔说：“有一条明显的界限是你不应该跨过的。你不应该杜撰审讯内容，你不应该撒谎，更不应该做伪证。如果你做了，你就不要再待在联邦调查局内。”
没过多久，这条本着仁慈之心解雇员工的标准就带来了许多灾难。
1980年4月16日下午5点半，一名联邦调查局看门人伯爵·桑顿，打开了联邦调查局总部大楼第八楼联邦信用联盟协会的大门。联邦调查局大楼是一个不规则的四面体。根据当地的建筑规定，沿着宾夕法尼亚大街的一面，在建设的时候只盖了7层楼，但是楼体的后半部分，后来则盖成了一个11层的建筑。这后半部分，悬在空中，看起来非常怪异，总是给人一种感觉：大楼即将冲着街上的行人倒下—毫无疑问，在胡佛设计大楼的时候，他就已经想到了这个画面。
进入信用联盟协会后，桑顿打开了所有的灯。正当他要吸尘的时候，他看见一个粗壮的男人，褐色头发，就在柜台与打开的保险箱之间。短暂的沉寂过后，这个柜台后面的男人突然跳起来。
“联邦探员！别动！”那个男人说道。
看门人迅速认出这个入室者即是联邦调查局头号入室能手爱德华·提科尔。提科尔能够轻松撬开几乎任何锁具，打开保险柜，并且能够不留痕迹地进入任何居民住宅或是大使馆。正是由于他的这些特长，局里专门让他执行许多高度机密的任务。
提科尔告诉桑顿，他是被人叫到信用联盟协会的，有人给他报告说这里的门被弄开了。事实上，信用联盟协会的保险柜里锁着26万美元现钞。他拘留了桑顿。但是提科尔的故事却疑点重重，因为他没法指认是谁通知他到信用联盟协会的。
后来调查发现，除了在信用联盟协会的行迹之外，提科尔还私自贩卖偷窃的戒指和散装的钻石。他同时也卷入了为朋友贩卖偷盗的汽车和偷窃联邦调查局收发无线电天线的案子中。
入室信用联盟协会的案件在华盛顿联邦法院开庭审理，提科尔却无罪释放。但是，他对偷盗无线电天线一事供认不讳。经过9天的审讯，提科尔也承认了在弗吉尼亚州亚历山大市与珠宝窃贼的联系—在州与州之间运输偷窃的物品，杜撰假的供词，阻碍司法以及偷税漏税。
如果提科尔的案件过于异乎寻常，那么联邦特工弗兰克和苏珊·蒙斯瑞德的案子就显得较为正常了。1987年1月4日，迈阿密南部郊外，佩瑞恩地区一家名叫“游戏室”的俱乐部，蒙斯瑞德夫妇刚离开，就被枪膛挡住了去路。他们离开俱乐部的时间大概是凌晨两点，之后便遇上了切斯特·威廉姆斯，用枪指着他们索要财物。
威廉姆斯，有着一堆的犯罪前科。正打算拽下特工苏珊·蒙斯瑞德颈上的金链子，但是威廉姆斯明显找错了抢劫对象。特工弗兰克·蒙斯瑞德没有随身带着枪，但是他知道妻子把自己的枪就放在包里。当威廉姆斯索要钱财时，苏珊伸手到包里。就在那个时刻，弗兰克迅速抓起苏珊的枪—点0.38口径左轮手枪，射向威廉姆斯，威廉姆斯当场毙命。在弗兰克开枪的同时，威廉姆斯也开了枪，射中苏珊的背部。
就像对待其他任何的枪击案件一样，局里的检查员开始调查这个案件。刚开始，这对夫妇还谎报他们的活动内容。然而，他们双方提供的信息并不一致，以至于露出破绽。最终，根据联邦调查局职业操守办公室的报告披露，弗兰克“承认他和他的妻子实际上是去参加了在那个俱乐部举行的性派对，其中还涉及交换配偶。”“配偶交换”的对象之一就是前一天晚上审讯的一对夫妇，而“他并不知道其他夫妇的身份，而且也记不大清他们的名字”。
经过多次的审讯，苏珊·蒙斯瑞特，曾经极受尊敬的一名特工，终于承认这次事情是在他们的两年会籍中第一次参与“与其他人的性交易活动”。从她之前交代的信息中，她还提到过她同时也“加入了与其他女性会员的其他类型的性交易活动中”。
1987年7月，联邦调查局开除了蒙斯瑞特夫妇。总结为联邦特工一般不会光顾性俱乐部。如果蒙斯瑞特夫妇没有对他们参加的活动说谎，他们可能只会受到停职处理。但是更为严重的是，苏珊·蒙斯瑞特还承认了另一桩同等恶劣罪行—将她的手枪和联邦调查局的证件寄存在俱乐部员工那里。带着配枪和工作牌参加这样的活动可能会有些不方便，但是作为联邦特工，本就应该时刻不离这两样东西。
胡佛曾经极力反对让女性加入特工队伍—许多特工都戏称胡佛正隐藏在联邦调查局总部的地下室里，等待着能够再次执掌这个地盘的机会。如果真有这样的需求让他回来，那么蒙斯瑞特的案子就是最好的借口。
