抗日战争爆发后，八路军总部和刘伯承率领的一二九师进入晋东南的太行山区，1937年底，开始建立了以太行为中心的抗日根据地，这里聚集了八路军总司令朱德、副总司令彭德怀，参谋长叶剑英、副参谋长左权，总政治部主任任弼时、总政治部副主任邓小平，一二九师师长刘伯承、副师长徐向前，参谋长倪志亮，政训处主任张浩、副主任宋任穷等中共着名军事将领。后来，抗大总校副校长罗瑞卿调八路军总部任政治部主任，而任弼时则去莫斯科任中共驻共产国际代表，邓小平改任一二九师师政委。中共北方局也和八路军总部及一二九师师部在一起，北方局书记杨尚昆经常给大家作报告。当时的太行，可以说是群星荟萃。在这些领导人的身边工作，经常得到他们的耳提面命，耳濡目染，孔冬终于从一个只有理论知识的青年学子成为一个富有实战经验的优秀指战员了。
在八路军总部工作期间，孔冬参加过许多着名战役。1939-1940年，日军对晋冀鲁豫进行十次大规模进攻和“扫荡”，其中对晋东南的第二次“九路围攻”规模最大。1939年7-9月，日军集中六个师团十三四万人的兵力攻陷晋东南二十余县城，经我军多次奋战，杀伤敌人近万，又收复半数的沦陷县城，但晋东南根据地被分割为二，即太行和太岳两区，同时太行区也被分割为太南、太北两区。1940年底，日军从太行山区开始对华北各根据地展开疯狂的“大扫荡”，日军经常采取“铁壁合围”、“梳篦式清剿”、“马蹄形堡垒线”、“鱼鳞式包围阵”等战术，并使用伞兵和毒气，企图采取“囚笼政策”将八路军困死并加以消灭，抗日根据地开始进入最困难的时期。1942年5-6月，日军对太行实行“铁壁合围”、“抉剔清剿”，根据地人民顽强抗敌，创造了许多可歌可泣的事迹。特别是八路军总部的高级将领身先士卒，站在斗争的最前线。副总参谋长左权就是在一次率八路军总部突围，在山西辽县（今左权县）麻田以东与日寇英勇奋战时而壮烈牺牲。朱德在悼念左权的诗中写道：“名将以身殉国家，愿拼热血卫吾华，太行浩气传千古，留得清漳吐血花。”除正面抗击日军大规模进攻和“扫荡”外，还得应付国民党的“摩擦”和反共高潮。1939年12月-1940年3月，国民党掀起了抗日时期的第一次反共高潮。1939年12月，山西土皇帝阎锡山下令进攻共产党领导和发展起来的决死队（即新军）。但在八路军新三五八旅和新军的反击下被迫撤退。1940年3月，国民党军朱怀冰部在国民党军其他部队的配合下，由磁县、武安一带向太行区进犯，矛头直指八路军总部。一二九师刘伯承师长曾劝朱怀冰说：“我们已经退避三舍了，实在无地可退，你们总得让我们抗日有地！八路军一个师抗击了十万日军十万伪军，并非怕你，不过为了团结，不忍自相残杀，要是欺人太甚，我们是有人民作后盾的。”但朱怀冰置若罔闻，继续向八路军驻地进攻。八路军忍无可忍，奋起自卫，一举歼灭了朱怀冰部三个师，并同时击溃了已投降日寇的国民党军石友三部，取得了大捷。在这一系列艰苦而又激烈的战斗中，孔冬表现不凡，战功卓着，多次受到上级的嘉奖。
1943年初，孔冬从八路军总部巡视团调回延安参加整风，不久被分配到联防军政治部工作。在延安学习、工作了两年多，其间有两次聆听毛泽东的讲话。这两次讲话，毛泽东都用树木作比喻，这给孔冬留下了深刻的印象，并且对他一生有着重大影响。
第一次是1944年10月25日，毛泽东向准备南下的三五九旅干部作的讲话。孔冬担负会务工作。毛泽东在会上的讲话内容主要为：国民党一点希望也没有了，中国人民要解放，中国要得救，只有共产党才有办法，全国老百姓都仰望着我们。所以我们要尽量发展自己，要百分之百地发展自己的力量。从现在环境看，广东、湖南、河南都可以大发展。共产党员好像柳树一样，到处插下去就可以活，长起来。但柳树也有缺点，容易顺风倒，所以还要学松树，挺而有劲。柳树有机动性，松树有原则性；柳树可亲，松树可靠，我们共产党人就是要可亲，要可靠。孔冬认真体会毛泽东讲话的丰富含义，它包括三层意思：一是只有共产党才能救中国；二是要救中国必须发展壮大自己的队伍；三是必须扎根于人民群众之中。
第二次是1945年8月13日的抗战胜利前夕，毛泽东在延安干部大会上作了《抗日战争胜利后的时局和我们的方针》的讲话，在这次会议上，毛泽东以栽桃树和摘桃子来比喻共产党领导中国人民夺取了抗日战争的胜利，而坐在峨眉山的蒋介石领导的国民党政权却准备下山抢夺人民的胜利果实。所以共产党人要丢掉幻想，准备斗争，绝不能将胜利果实拱手相让。
这给与会人员十分深刻的印象。
毛泽东和中共中央从战略高度出发，对东北十分重视。1945年中共七大期间，毛泽东指出：从我们党，从中国革命最近、将来的前途看，东北是特别重要的。如果我们现有的一切根据地都丢了，只要我们有了东北，中国革命就有了巩固的基础。苏联红军进入东北后，延安总部命令冀热辽军区司令李运昌就近组织部队挺进辽宁，配合苏联红军作战。另派晋绥军区政委林枫率千余干部先行进入东北。毛泽东在重庆谈判期间，中共中央决定从关内各解放区抽调大批主力部队昼夜兼程疾进，抢占战略要地东北。
孔冬等第一批干部跟随林彪来到东北，陆续进入东北的八路军、新四军各部于1945年10月同东北抗日联军合编，组成东北人民自治军，1946年1月7日改称东北民主联军，孔冬在东北民主联军政治部工作。为了执行党中央关于建立巩固的东北根据地的指示开辟内蒙古根据地，孔冬随即被派往白音旗，任中共白音旗委书记。
这时，黎明慢慢地将蓝色的天幕拉开，广阔而濡湿的草原流注了清新如燃的晨光，起初是鲜红的，后来是大红的、金黄的……一切都醒了，歌唱了，喧哗了，说话了，到处都有大滴的露珠像金刚石一般发出红光。一个如诗如画，清新、明媚的世界展现在人们的面前。
“孔政委，尤副旗长来接我们来了。”乌力吉高兴地说道。
孔冬收回思绪，向前一看，前方有一彪人马，大约有二十人，骑马挎枪，徐徐向这边走来。
“不错，应该是尤副旗长他们。刘龙，进行联络。”
刘龙举起红旗摆动，随即对方也举起了红旗，联络上了，孔冬脸上露出笑容。
乌力吉对孔冬、敖拉扎布说：“二位如有兴趣，现在可以比试一番，这里距尤副旗长处有二三千米，足够奔驰的了。”二人欣然同意。
乌力吉一声令下，两人策马飞驰，一红一黑，有如赤兔再世，各不相让，奋勇争先，四蹄翻腾，长鬃飞扬，大地在它们脚下飞驰而过，风卷着鬃毛在耳边呼啸。这是一幅由奔腾的美、力量的美交织在一起的绚丽画面。两匹马奔跑了二三公里，火龙驹总是在前半个身位，孔冬笑着说：“敖拉扎布同志，你的马快，我认输了。”
两人放慢速度，缓缓而行，敖拉扎布夸奖说：“你的马很不错，你的骑术也很好。”
“但在你面前，可以说是班门弄斧，让你见笑了。”
“哪里哪里，孔同志太谦虚了。”
这时已距尤才他们只有百余米了，双方都下马疾步向前，两双有力的手紧紧地握在一起。尤才仔细端详敖拉扎布，是个二十四五岁、风度翩翩的青年，不像王爷像学子。
尤才说道：“敖拉扎布先生，我们早就盼望你来，今天见面太高兴了啦，真有一见如故之感哩！”
敖拉扎布激动地说：“真是相见恨晚，一见如故啊，这是我有生以来最高兴的时刻。尤才同志，你们带这么多人欢迎我，实在不敢当，太感谢啦。
我孤陋寡闻、学识浅薄，还望诸位多多指教。”
尤才一听称他为“同志”，不觉一愣，不明所以，于是说道：“敖拉扎布先生，你太客气啦，我们人地两生，倒是请你多指教，今后我们一起共事，是同志了，相互之间多商量、多帮助，就不必客气了。”
“我们已经是同志了。”敖拉扎布与孔冬相视一笑后说道，孔冬将路上之事说与尤才，尤才这才明白，接着三人哈哈大笑起来。沙达嘎笑着说：
“今天这个场面太感动人了，大家都很高兴，有说不完的话，可也不能老站在这里说，请诸位上马，边走边谈，到了王府坐下来谈个够。”
大家上了马，在广阔的草原上并缰而行，在阵阵欢声笑语中不觉到了王府。敖拉扎布回到离开数月的王府感慨万千，可突然间却惊得愣住了：
那不是贡布扎布吗，他怎么在这里，他究竟是国民党还是共产党，我是不是中了圈套？！
孔冬忽然发现敖拉扎布发愣，欢乐的气氛倏尔消逝，也莫名其妙地愣住了。
