但好景不长，接下来的岁月中容庚遇到了一生中最大的恨事。燕京大学1941年被日本宪兵接收后，容庚没随大多数师生迁向西南大后方，并于翌年被聘为北大教授。抗战胜利后，性情刚烈的傅斯年代理北大校长。一上任，傅斯年就对伪北大教员开刀，坚决不用抗战期间未随学校南迁而留在北平的教员，并直言“汉贼不两立，连握手都不应该”。被傅斯年大刀砍下马的就有周作人和容庚。容庚不服，在报纸上发表了一篇轰动一时的“万言书”，书中列出滞留北京不得已的苦衷：“庚独眷恋于北平者，亦自有故：曰寇必败，无劳跋涉，一也；喜整理而拙玄想，舍书本不能写作，二也；二十年来搜集之书籍彝器，世所稀有，未忍舍弃，三也……”
而傅斯年全然不接受这样的说辞。当容庚到南京中研院总办事处找到傅斯年当面理论时，傅拍案而起，指着容破口大骂：“你这个民族败类，无耻汉奸，快滚，快滚，不用见我！”当场命人将容氏按倒在地架出去，扔到门外马路上。第二天，《新民报》登载此事，用《傅孟真拍案大骂文化汉奸，声震屋瓦》一文，浓墨重彩地加以渲染。背负“汉奸”的恶名，在北平根本难以立足。无奈之下，容庚只能托李宗仁的关系到广西大学教书，未果，又转聘岭南大学，后来岭南大学与中大合并，就这样，解放后，容庚便终老在中大，再也没踏进过北大门槛。而他的弟弟容肇祖建国后却在北大哲学系任教，兄弟俩南北分离，都在各自领域内成了一代巨擘，各领风骚
1922年3月，28岁的容庚留下妻子儿女，与三弟容肇祖一起北游京师，希望增补《金文编》以成定稿。他带着三册《金文编》稿本，专程去天津求见大名鼎鼎的罗振玉。罗振玉号雪堂，是“甲骨四堂”之首，对金文也有研究，也曾打算校补吴大澂《说文古籀补》。他看到容庚《金文编》稿本，对这位远道而来的后辈十分赏识。两人倾谈三四小时，罗振玉鼓励他“务竟其成”，容庚感觉如沐春风，乐而忘倦。
此后，罗振玉不仅帮助容庚印行了《金文编》，还介绍他入读北京大学研究所国学门研究生。罗此时兼任北大国学门通信导师，他给北大教授马衡写信推荐容庚，信中有“容庚新从广东来，治古金文，可造就也”之语。此前容庚毕业于东莞中学，并没有读过大学，他晚年常以一介中学生而入读北大研究生为自豪。容庚对罗振玉终身感激，1940年罗振玉在旅顺去世时，容庚致挽联“探殷墟之瑰奇，精鉴远过刘原父。睠楚国而憔悴，孤忠高似屈灵均”，对其评价极高。
1926年，容庚从北大研究所国学门毕业后，任教于司徒雷登主持的燕京大学，次年即破格转为教授。正是由于罗振玉的推荐与提携，容庚后来在古文字领域建树卓着，成为蜚声海内外的学者。
王国维也是北大国学门的通信导师，他对容庚的学术研究同样帮助很大。1923年王国维为商承祚《殷墟文字类编》作序时，称他所见当今治古文字的青年仅四人：唐兰、容庚、柯昌济、商承祚。那时他与容庚刚刚相识，此后容庚任燕京大学教授，王国维住织染局十号，两人过从甚密，时相切磋。容庚后来追忆王国维写道：“先生沉默寡言，问非所知，每不置答。喜吸纸烟，可尽数支；当宾主默对时，惟见烟凫凫出口鼻间。其治学甚劬，而所学甚博。”
1927年6月2日，王国维自沉昆明湖，容庚《颂斋自订年谱》载：“6月1日，王国维来，久谈。次日王国维自沉于颐和园昆明湖。”王国维死后，容庚也是第一批到达现场者，随后又为操办丧事而奔走，他还一直保留着王国维遗书的石印件。
陈寅恪将王国维之死归结为“文化殉节”，他在王静安先生纪念碑碑文称王国维“思想而不自由，毋宁死耳”、“以一死见其独立自由之意志”。“文革”中，容庚“不批孔子，宁跳珠江”，无疑也是这种独立自由精神的赓续。
坚持“独立之精神，自由之思想”，不曲学阿世，不随风俯仰，是那一代学人思想和人格的精髓，容庚也正是在这种氛围中构建学术规范、确立独立人格的，这一点从他与林白水的交往中也可看出。
林白水是20世纪初与邵飘萍齐名的报人。容庚曾任林白水女儿的家庭教师，当时他还在北大读研究生。林家车夫看不起容庚，有一次作梗将容庚抛在半途，容庚愤怒地写信给林白水，要辞去家教职务。林白水立即辞退车夫，并叫女儿向容庚磕头请罪。容庚重回林家讲课，林白水见到他又亲自向他下跪谢罪，容庚十分感动，两人遂成莫逆之交。林白水在《社会日报》揭露北洋政府黑幕，被直系军阀张宗昌杀害，容庚集林白水文章成《生春红室金石述记》一书，并作跋颂扬他“视权贵蔑如也”。“视权贵蔑如”，也是容庚精神的写照。
1929年，流亡日本的郭沫若以“未知友”署名给容庚写信，以寻求甲骨文研究资料。时容庚任燕京大学教授、《燕京学报》主编，他无私地将自己所能搜罗到的资料全部寄给郭沫若。但对郭的政见和热心政治的行为容庚并不赞同，他曾在信中劝郭埋头于学问。1946年，容庚在重庆第一次与郭沫若见面，相谈并不欢畅，他事后与人谈起，用“退庙之僧”来形容郭，意指郭不务正业。
1962年3月，康生驱车访容庚，在中山大学康乐园里传为奇闻。康生时任****中央政治局候补委员、中央文教小组副组长，他在“黑石屋”与容庚谈论文物收藏、书画鉴定，两人因容庚所藏《兰亭集序》真伪问题争得面红耳赤，令在座的中山大学领导目瞪口呆。康生敬重容庚的学识和胆量，支持他北上考古访学，还亲自为他开具给各地党委宣传部门的介绍信。
容庚着作等身，其《金文编》、《商周彝器通考》被学界奉为圭臬。但他的学术成就主要是在北京完成的，1946年，容庚南归，任岭南大学中文系教授兼主任。1952年，岭南大学与中山大学合并，容庚任中山大学中文系教授。由于学术氛围和政治环境的变化，容庚无法致力于自己长期经营的彝器铭文研究，甚至也无法进行正常的学术研究。容庚将兴趣逐渐转移到书画碑帖上来，写出过《丛帖目》、《颂斋书画小记》这样的重要着作，但他常常对人说，自己“解放后一个字也没有写过”。因为，他赖以生存的学术土壤已不复存在。但是，容庚的个性在这个时期更加凸显出来，他在历次政治运动中，敢言人所欲言而不敢言者，表现出一位学人的铮铮铁骨。
1958年，中山大学中文系的董每戡、叶启芳等教授被打为“右派****小集团”，容庚为他们奔走呼吁，学校领导警告他：“容庚，你已经到了右派的边缘！”他坐在台下大声回应：“我退休！”
1958年“交心”运动中，容庚又有许多精彩言论，据陈世铙日记记载，容庚说：“这几天，我的思想很沉重。思想像竹子，有些地方通了，许多地方还是不通……”
1966年5月，全国都在批判吴晗、邓拓，“文化大革命”一触即发，容庚仍在会上为吴晗、邓拓喊冤叫屈。他说：“毛主席自己说过‘言者无罪，闻者足戒’，‘有则改之，无则加勉’，但现在却把这批文章（《燕山夜话》）说成****反社会主义，还有谁敢提意见，这不是防民之口吗？这样防民之口，只好挂个牌牌‘莫谈国事’了。”就这样，容庚成了中山大学第一批“牛鬼蛇神”，与刘节、谢文通并称康乐园里的“三家村”。
容庚曾自称野马，谁也驾驭不了，又自称鬼锁，谁也打不开。“文革”开始不久，他的研究生们就贴出大字报——《坚决砸烂容庚这把“鬼锁”！》，揭露其“****反社会主义的言论”，召开大家行动起来，“坚决砸烂这把‘鬼锁’，宰掉这匹‘野马’！把伟大的文化大革命进行到底！”
1971年10月30日，批林批孔运动中，中文系教职工学习中央文件，容庚说：“斗争斗争，我心里一直不安，斗来斗去，莫须有。”“不说又不行，沉默就是反对，又一条罪状！究竟怎样做人好，如果七八亿人都拥护，中国是无敌于天下的。可是现在还有两种人，把话闷在心里，不敢说话，这不是好现象。”“整天喊思想改造，越改造越坏。”
这就是容庚。中山大学校长黄焕秋在容庚追悼大会上致悼词时说：“在十年****期间，他身处逆境，备受迫害，依然刚直不阿，不讲违心之话，不作背理之事。”这是对容庚最直白、最平实的赞誉，这就是“独立之精神，自由之思想”的表现。
