就在噶尔丹闹得吐火如荼的时候，同样位居西陲的西藏也不安了起来。西藏于元朝初年便正式加入中国版图，成为中华大家族不可缺少的一部分。西藏一直坚持政教合一。起先，西藏一直由红教掌权，但到明朝初年，黄教逐渐兴起，相对红教，黄教实行活佛转世制度，戒律更加森严，很快受到了欢迎，并开始传遍西藏、青海等地。明万历年间，三世达赖获得“达赖喇嘛”的称号，黄教影响更是遍及内外蒙古。明末清初，五世达赖罗桑嘉措在漠西蒙古和硕特部固始汗的支持下，取得了西藏的教权，固始汗则控制了政权。后来，固始汗于顺治二年（1645），赠四世班禅以“班禅博客多”的尊号，以牵制达赖的权力，搞相互平衡，以巩固自己的地位。
清朝建立后，一直和西藏保持着友好关系，五世达赖和固始汗曾多次遣使通好，并受到皇太极的热情接待。顺治九年（1652），五世达赖进京，表示西藏服从中央政府的管辖，清廷对其和固始汗进行了隆重的册封，成为民族关系史上重要的一页。康熙登基后，虽对宗教不感兴趣，但仍恪守祖宗制度，不时遣使入藏赏赐拨银，努力搞好与西藏的关系。
其时，西藏处于黄教首领达赖、班禅、厄鲁特蒙古和硕特部汗王的共同统治之下。达赖、班禅是西藏的宗教领袖，西藏政务则由达赖与厄鲁特蒙古和硕特部汗王共同委任“第巴”官管理。康熙年间，达赖的势力有了较大发展。康熙十八年（1679），达赖在和硕特部汗王缺席的情况下，直接任命亲信桑结嘉措为“第巴”，从此，桑结嘉措逐步掌握了西藏大权。
康熙二十一年（1682），五世达赖圆寂后，第巴桑结嘉措竟密不发丧十五年，说达赖只是在闭关修炼，所有事情有他来传达给达赖，同时暗中勾结噶尔丹。康熙对第巴桑结嘉措早有怀疑，但当第巴桑结嘉措以达赖名义奏称：“吾国之事皆以第巴为主，乞皇上给印封之，以为光宠”时，还是封第巴为土伯特国王，令其掌管黄教。
康熙三十五年（1696），康熙得知达赖已故的确切消息，严厉斥责第巴桑结嘉措欺君坏法的罪恶行径，在以大兵威慑的同时，仍行招抚。他认为：“达赖喇嘛，蒙古等尊之为佛。第巴者，即代达赖喇嘛理事之人。”如其认罪改过，即可“化导悖乱，使中外道法归一”。康熙宽宥了第巴桑结嘉措，青海蒙古各部解除了顾虑，纷纷率众来归，这成为清廷安定西藏的基础。
康熙三十六年（1697），第巴桑结嘉措在公布五世达赖之丧的同时，宣布迎请自己选定的转世灵童仓央嘉措于布达拉宫坐床，称六世达赖。对此，康熙表示他充分尊重西藏内部发生的变化，只要他们忠君护法，都可以既往不咎。
但后来拉藏汗杀死西藏专权的第巴桑结嘉措，废黜其拥立的六世达赖仓央嘉措，重新选定阿旺伊西坚措为六世达赖，但是问题也随之出现，青海的各个蒙古部落不承认伊西嘉措为真达赖，并且另立了一个噶尔藏坚错坐镇青海，并请清廷速赐册印。于是出现两个达赖，谁真谁假，一时无法辨别，两下争论，便引出策妄阿拉布坦的兵祸来。当年第巴桑结嘉措被杀后，其部下纷纷逃到策妄阿拉布坦处，求其派兵复仇。这刺激了策妄阿拉布坦对权力和领地的无限贪欲，他先利用拉藏汗因与西藏地方势力、青海众台吉产生矛盾而深感孤立而希望得到外援的情绪，于康熙五十三年（1714）用儿女联姻来麻痹对方。
当初，策妄截献噶尔丹骸骨，上奏清廷，态度非常逊顺，康熙帝便将阿尔泰山西麓至天山北路一带给他，让他的民众在那里游牧。策妄得此广土，竟萌生了野心，想做第二个噶尔丹，妄图吞并诸部。策妄首先娶土尔扈特部阿玉奇汗的女儿做妻子，然后诱使他的妻子联合她弟弟，将父亲阿玉奇汗逐到俄罗斯。策忘假称发兵援助，竟占据土尔扈特部。土尔扈特部势力本来就衰弱，自然也归服他了。然后，依样画葫芦，策妄娶回了拉藏汗的姐姐。之后，便把元配所生的女儿，许给拉藏汗的儿子丹衷，并让他入赘伊犁。表面上非常亲热和谐，谁知他却心怀异心。
策妄阿拉布坦随后杀害拉藏汗，并进军拉萨，打算以西藏为据点，攻占青海、云南、四川。
康熙皇帝任命傅尔丹为振武将军，令他率大军出阿尔泰山，严加防备准噶尔部。另派西安将军额鲁特率军入藏。康熙五十七（1718）年，清军刚刚进藏就全军覆没，额鲁特也战死沙场。
