另外，在当时的商王朝内部，也是危机四伏。殷纣的反对派们，势力也异常强大。殷纣同父同母的哥哥微子启，因为没有得到帝位，所以对殷纣充满怨恨。微子启在出生之时，他们的母亲还是妃而不是后，所以微子启就是庶子。而到了殷纣出生之时，他们的母亲已被立为后，所以殷纣就成了嫡子。本来按照之前“兄终弟及”的传承方式，微子启是最有希望继承帝位的，但因为帝祖甲时将继位方式更改为嫡子继承制，所以长子微子启没能即位，而年龄小的殷纣反而继承了王位，这让微子启非常愤恨。微子启没有能力与强势的殷纣抗争，只好与箕子、胶鬲等人出卖自己的国家利益，与周人结盟，共同颠覆殷商政权。所以，殷纣打压微子启、箕子、比干等人，并不是头脑昏聩，而是明确认识他们行为之后的明智之举。只是殷纣碍于手足之情，没有对他们痛下杀手，谁知为自己留下了后患。
同时，商朝内部的许多贵族大臣也对殷纣充满怨恨，因为后期的商王让他们失去了政治权力。商朝前期及中期，神权非常强大，而帝王的王权则受到限制。
中国最早的治国思想，也就是政治思想，或者说是国家的意识形态，目前可以追溯到商朝（因为夏朝的许多史料遗失了），就是以祖先崇拜为特征的宗教世界观，这是一种神权思想。朝中决定什么大事，往往由祖先或神为代表的“天帝”说了算，而国王的王权受到压制，使一些国王不敢随心所欲。之前不少聪明的国王发现了这个现象，但也不敢拂逆“神”的意志，只能巧妙地加以利用。比如商王武丁要起用平民傅说，就必须要依靠一个编造的梦境才可以实现。到了后期，自帝武乙开始，武乙开始着力打压神权，强化王权。这样一来，朝中那些以装神弄鬼为生的贵族大臣们自然就会失热。因此，朝中的大臣及巫师们非常痛恨他，史书上有关武乙因雷击身亡的记载，后世一些学者就认为是痛恨他的巫师们刻意编造出来贬低他的。武乙在神权政治向王权政治转变的过程中起了重要作用，他其后的三任商王文丁、帝乙、殷纣，从王权政治中尝到了不受约束的权力的滋味，自然也是极力打压神权，进一步强化王权。这样导致的结果就是国家大事国君说了算，而不是“神”说了算。那么那些经常性拿“上天”来恐吓殷纣的大臣们，比如祖伊等，自然而然不再有政治地位。为了维护他们的权力，所以他们动用一切舆论力量来诋毁殷纣，说殷纣不敬祖先、不敬上天、慢待鬼神等等。这些贪恋神权的贵族们不可任用，为了不致怠政，殷纣只好任用外来的人才飞廉、恶来、费仲等，而这几个人，无一例外都被殷商贵族及后来的周人诋毁抹黑。
就在殷纣派遣精锐部队与东夷作战的同时，微子启和大夫甲、内史向挚先后逃奔到周国，将朝歌空虚的消息传递给了一直对殷商虎视眈眈的周人，并引导周人乘虚而入，攻打殷纣。殷纣猝不及防，兵败****而死。这一年是公元前1046年，殷纣在位共30年。
殷纣死后，周武王宣告殷商灭亡，自己在诸侯的拥戴下做了天下共主。从此时起，对殷纣这个亡国之君的诋毁和抹黑行动全面开始。
首先抹黑殷纣的自然是周人。周武王在起兵攻打乃至灭亡殷商的过程中，自然而然要造足舆论、做足文章，让普天之下的人民都认为殷纣十恶不赦，周朝取代商朝不过是奉行上天的旨意，是顺天应人之举，是在替天行道，这样一来，才可以最大程度地争取民心，建立统一战线夺取政权并巩固自己的统治。此后的历朝历代，在取代前朝之后，都无一例外程度不同地对前朝亡国之君进行了丑化乃至妖魔化，其根本原因就在这里。
接下来抹黑殷纣的自然是殷商内部的微子启等人。微子启没有得到王位，比干、箕子失去了得到王位的任何机会，那些贵族大臣们在神权遭到重创之下失去了政治权力，自然而然要联合起来丑化殷纣，微子启等人要借此掩盖他们的卖国行为并证明他们通敌的正确性，贵族大臣们要借此宣扬殷纣远贤臣亲小人的昏庸无道。有了这样的肆意丑化，殷纣自然而然背上了“醢九侯”、“脯鄂侯”、“剖比干”、“囚箕子”等种种残暴的恶名，千载难洗。无辜的苏妲己也因此受到牵连，躺着中枪，成了遗臭万年、妇孺皆知的“狐狸精”。飞廉、恶来、费仲等人，则更是覆巢之下，安有完卵！
再接下来抹黑殷纣的人，则是战国诸子和历代史家。春秋战国时期，诸子百家争鸣，由于极其繁荣且自由的学术环境，所以诸子们为了证明自己的观点，往往夸大其词、想当然耳。反正殷纣和夏桀已经成了反面典型，所以往他们身上泼再多的脏水，也没有人会制止反对。为了证明仁义重要，就例举殷纣造炮烙之刑，剖孕妇之腹，斩涉冰农夫之足等残暴之举；为了证明尚贤、用贤的重要，就例举殷纣疏远微子、囚禁箕子、剖挖比干而重用费仲、恶来等远贤亲小之举等等。
周人灭亡商朝之后，为了彰显自我并鞭挞仇敌，于是开始编修前朝历史。他们给殷商的亡国之君加了一个“纣”的谥号，并把他记载成了一个罪大恶极的暴君。由于周朝享国约800年，所以周人官方所修的历史得到了较大范围的传播，成了后人公认的信史。之后随着时间的推移，殷纣身上所背的恶名越来越多，罪行越来越重。周人自以为已将殷纣彻底抹黑，但令他们没有想到的是，记载着许多殷商历史的文物流传了下来，比如甲骨，比如青铜器，它们在出土之后，用无可辩驳的原始文字，还原了那段历史。至此许多人发现，对于商末周初的同一段历史，殷商和周朝各执一词，截然不同。究竟孰是孰非，在历史学家和学者们经过仔细的研究和对比之后，渐渐探寻到了它的真实面貌。
