明武宗死后，世宗即位，也就是嘉靖皇帝。登基之初，世宗颇有振作求治之意。然而好景不长。世宗并非武宗的后代，乃是孝宗之弟兴献王的儿子，因此极想给自己的生父一个尊贵的追封，不料却遭到大臣们的强烈反对，双方争执不下，史称“大礼议”。最后，恼羞成怒的世宗命锦衣卫官校将一批官员或棒笞，或下狱，总算将反对者暂时压制住。世宗还有一个特别的嗜好，即希冀长生，喜爱方术。为此他四处寻访方士，待若上宾，又日夜在宫中设斋醮，供奉甚谨。这自然引起了许多大臣的反对，执迷不悟的世宗依然用“厂卫”及“诏狱”对劝谏的大臣进行打击。如兵科给事中高金上疏，言方士虚妄，世宗大怒，“立下诏狱拷掠”。太仆卿杨最上疏强谏，“立下诏狱，重杖之，杖未毕而死。”后御史周相上疏，建议世宗毋听虚妄的“祥瑞”征兆，没想到世宗也大怒，下周相“诏狱拷掠之”。经过这样的残酷打击，绝少有人敢犯颜强谏了。最后、还是著名的清官海瑞冒死上《治安疏》，同样被捕入狱。所幸的是，当时世宗因长期服用丹药中毒，已是病入膏肓了。由此可见，明代“厂卫”的存在及发展是专制皇权高度发达的结果，几乎每一位帝王都想最大限度地控制臣下，他们在做出违背王朝纲常荒诞不经之举时，都需要像锦衣卫及东厂这样的机构与爪牙存在，所以有明一代宦官的势力屡有消长，但锦衣卫及东厂的地位却一直相当稳固，其势力在不断膨胀，个中的症结即在于此。
锦衣卫与东厂即为维护专制帝王“超级”权力最得力、最凶残的工具，完全听命于皇帝本人，而由众多大臣组成的朝廷机构成为其监视、挟制的对象。专制帝王可以超越王朝法令的限制任意处置手下的大臣，这自然使极欲肆意妄为的君王心满意足，惬意无比，对于一个深居皇宫内院的孤家寡人来讲，拥有这样的权力已经足以使偌大的帝国陷于纲纪紊乱的泥淖之中了，而其最大的危害却表现在这种超级权力事实上的转移。任何一位君主是不可能完全控制住像厂卫这样的特殊机构的，他们在奢侈享乐及处理朝政之余，虽然热衷于锦衣卫官校每日所汇报的“小道消息”及市井琐事，但他们蛰居于“庭院深深深几许”的皇宫之中，根本不可能将锦衣卫报告的事情进行验证，只能偏听偏信一面之词，这就给锦衣卫长官瞒天过海、罗织构陷提供了极为有利的条件。况且，锦衣卫自设公堂、监狱，生杀予夺均在其构陷之中，而皇帝对锦衣卫拷讯而来的罪名根本无心勘验，无数冤假错案由此发生，锦衣卫长官及其爪牙作为御用鹰犬。敢于施暴于任何一位朝廷命官，使王朝司法系统形同虚设。锦衣卫成为超级监察与司法机构，其长官也就拥有了非同寻常的超级权力，这无论对正规官僚机构的运转，还是对专制皇权都构成相当严重的威胁。
宦官窃权专政是中国历代封建王朝中无法根治的痼疾之一，为害酷烈，屡见不鲜。而明代之所以又成为宦官肆虐最为惨烈的一个朝代，其关键的因素就在于宦官把持了“厂卫”机构。具有讽刺意味的是，“厂卫”机构原本是专制帝王处心积虑为维护其特殊地位而设置，实际上却成为宦官执掌特权最有力的保障。我们从宪宗时汪直的专权就清楚地看到了这一点，日后刘瑾及魏忠贤的肆虐也都是有力的证明。掌权的太监无一例外地利用“厂卫”爪牙对持反对意见的大臣进行残酷打击。
明武宗即位后，狡黠的刘瑾与其党等八人（号称“八党”或“八虎”）日夜为走马逐犬、歌舞角抵之戏，使极好逸乐的武宗乐不可支，沉醉其中，置朝政于不顾，从而为刘瑾窃柄造成了可乘之机。正直的朝臣纷纷上章弹劾“八党”，情急之时，刘瑾等围定武宗哭诉，并诬陷宦官王岳对皇帝逸乐不满，与外臣勾结，欲去皇帝心腹。武宗听后大怒，遂命刘瑾掌司礼监，其党马永成、谷大用分掌东、西厂。从此，刘瑾独揽大权，一手遮天，在“厂卫”鹰犬的构陷与罗织之下，朝臣再也不敢犯颜进言了。尔后，凡有上疏抨击时政者，刘瑾都命锦衣卫校尉毫不留情地惩办。他为了维护自己的权势，竟在东、西厂之外另设内行厂，直接听命于他本人。《明通鉴》载：内行厂与东、西厂相比“为害尤为酷烈，以细末之事构陷官民，受害者根本无法开脱。逮捕之时，一家犯法，邻里皆被牵连，或临河居者，以河外居民坐之。屡兴大狱，冤号相属”。当时许多著名的朝臣如李梦阳、杨一清等都有被捕入“诏狱”的经历，能生还者实为罕见。而此时，“厂卫”势力早已不限于北京一地，分遣官校四出侦缉，从此偏远州邑之人，见到华衣怒马、京师口音之人，立即互相转告，官吏赶忙私下贿赂，搞得人人寝食不安。
有一次，朝堂之上出现指斥刘瑾的匿名上书，刘瑾大怒，竟让文武百官一齐跪在奉天门下。当时正值盛夏，暑气逼人，十几位朝臣昏厥在地，有好心的宦官在刘瑾离开时让众人起身休息片刻，并扔些冰瓜解暑，而刘瑾来后，跪地如故，从早朝之时，一直到日暮，刘瑾见无人招供，余怒未消，将朝臣三百多人全数送人诏狱。路过长街之时，市中小贩争相送饭，因为这些大臣已整日滴水未沾了。后经李梦阳上疏解救，这些大臣才得以出狱。而武宗不仅对众位大臣的死活不管不顾，而且手持匿名书道：“你说贤，我就是不用；你说不贤，我全都用。”正是由于皇帝的昏暴无耻，再加上锦衣卫鹰犬的为虎作伥，才使得宦官把持下的明代特务政治形成了前所未有的黑暗局面。
明熹宗即位后，魏忠贤的出现更把大明王朝推向了崩溃的边缘，此一时期是明代宦官操纵特务政治最为黑暗恐怖的时期。天启四年（1624年）六月，一群大臣向专横的魏忠贤发起了总决战。为首者为左都御史杨涟，上疏弹劾魏忠贤24条大罪状。随后陈良训、魏大中、黄尊素等数十位朝臣群起上奏，前后不下百余疏，“或专或合，无不危悚激切”。面对群臣抗议的浪潮，熹宗依然对魏忠贤青睐有加。结果，有恃无恐的魏忠贤开始了疯狂的反扑。上疏直谏的大臣均遭魏忠贤的毒手，邪恶的锦衣卫又一次大施淫威。
在魏忠贤死党的诬陷下，中书汪文言曾受廷杖之责，魏忠贤的义子许显纯任锦衣卫北镇抚司理刑后，重新逮捕汪文言，逼迫他诬陷其他朝臣。在酷虐倍加的情况下，汪文言再也无法承受，许显纯指使他诬陷魏大忠等人，汪文言大叫道：“苍天啊！冤枉啊！以此污蔑清廉之士，有死不承！”但是不管他是否承认，许显纯等人伪造供状，将杨涟、周朝瑞、左光斗、顾大章和袁化中等人抓入镇抚司狱，从而发生了惨绝人寰的残酷迫害的场面：
每隔五天进行一次拷讯，最为惨毒。拷讯时杨涟等人都跪在台阶前，主拷官百般诟辱，甚至剥光身体，肆意凌虐。拷讯时还动用种种刑具，铐杻、拶棍、铁镣等等，一一使用，常常戴着杻镣时又受棍击。上次拷讯的伤口尚未愈合，第二日又加榜掠。后来拷讯时众人皆不能跪起，戴着桎梏平卧堂下受审，旁观者无不切齿流涕。……其中（杨涟）自从下狱，体无完肤，及其死也，土囊压身，铁钉贯耳，仅以血溅衣裹尸置棺中。
杨涟、左光斗、魏大中和顾大章等人先后惨死狱中，锦衣卫及“诏狱”已不再是皇帝诛除异己的工具，而变为专权的太监滥施荼毒的人间地狱。被锦衣卫残害的大臣不可胜数，这种倒行逆施，激起了天下人仇恨的怒火。当锦衣卫缇骑逮捕吏部主事周顺昌时，“士民拥送者不下数千人”，其门人五六百人遮道诉冤，缇骑大怒道：“东厂逮人，鼠辈何敢多言！”当时有颜佩韦等人挺身抗言道：“圣旨出于朝廷，与东厂何干？”缇骑大言道：“圣旨不出东厂，又出自何处！”这番言论激起众怒，群起殴击缇骑，立毙一人，其余狼狈逃窜。后来，魏忠贤逼迫地方官追究肇事者，颜佩韦等5人挺身就戮，人称“五义士”。然而就在这一事件发生后，“缇骑不敢出国门（即北京）矣！”
熹宗去世后，明朝末代皇帝——崇祯帝朱由检的即位宣告了魏忠贤末日的来临，魏忠贤与客氏先后死于非命。朱由检本人也颇有重振朝纲之意，但他刚愎自用，生性多疑，继续重用宦官操纵“厂卫”，依旧维持着恐怖而黑暗的特务统治，使得早已千疮百孔的大明王朝更加危机四伏，积重难返，无法摆脱覆亡之噩运。《明史》载：庄烈帝（即朱由检）疑忌群臣，令王德化执掌东厂，号为“惨刻”，（吴）孟明虽掌管锦衣卫，但行事须观望东厂之意，不敢丝毫违背。而镇抚梁清宏、乔可用等朋比为奸，大凡缙绅府宅前，必遣数人往来侦察，因此群臣都晏起早阖，毋敢私语。那些高门富豪，更是战战兢兢，如履薄冰。锦衣卫校尉恣意敲诈，稍拂其意，诬陷立构，只须片言只语，便可株连至数十人。试想在天下大乱之时，朝廷大臣整日心惊胆战，惶惶不可终日，如何能尽心尽力挽救社稷江山？就在大敌当前之时，手握生杀予夺大权的太监仍然将监视将帅视作第一要务，自相倾轧与离心离德，又怎能避免不击自溃，土崩瓦解？“明不亡于流寇（即李自成、张献忠义军），而亡于厂卫”，可以说是有识之士的不刊之论！明朝的覆灭固不足惜，但黑暗的特务政治留给后人的启示却是很多很多。
