公元1687年，康熙帝下令免去江宁等七府及陕西全省600多万两钱粮，后来又先后蠲免过各省的钱粮。随着农业生产的发展，国库充裕了，蠲免钱粮的数额也随之增多。公元1702年，因云、贵、川、粤四省没有经常得到蠲免，康熙下达谕旨宽免四省43年钱粮。据统计，自康熙元年到康熙四十四年，蠲免钱粮的总额达9000多万两白银。尽管得到蠲免政策实惠最多的是钱多地广的富户，贫苦农民相比之下获利甚微，但是不能否认，蠲免在一定程度上减轻了农民的负担。这种与民休息的政策，对全面恢复和发展农业生产起到了积极作用。
清初的赋役制度沿袭明制，随着农业生产的发展和人口的增多，已经不能适应实际情况。康熙先是下令修改赋役制度，于公元1687年完成了《简明赋役全书》。至公元1712年，康熙又对赋役制度进行了重大改革，以清除旧赋役制度的弊端。康熙宣布：以康熙五十年的全国丁银数为标准，以后永不增减，此后到达成丁年龄的人一律不再承担丁银。这项被称作“滋生人丁，永不加赋”的措施成了清代地丁制度的基础。后来，康熙又在广东试行了“摊丁入亩”的征税方法，即把全省丁税统统归入田赋，征收田赋带征丁银的方法。这就在一定程度上改变了赋役不均的现象，使无地的逃亡农民免于丁银之苦，重新回到土地上来。
崇儒纂书，重视科学
明末清初，由于社会处于大变动时期，新兴市民以工商为本的思想反对重农抑商的传统政策，学术思想活跃，出现了一批像黄宗羲、王夫之、顾炎武等进步思想家。康熙帝玄烨认为这些都是“异端”，与封建制度不相符合，便大力提倡程朱理学，特别推崇朱熹，将他升配孔庙，序为十一哲。玄烨的崇儒对当时的进步思想来说无疑是一个反动，但也达到了他巩固封建统治的目的。
为了崇儒，玄烨便重用地主阶级知识分子。他设立的南书房，是他与儒臣谈论经史的场所，并命南书房大臣参与政事。他还吸收一大批知识分子纂修书籍，除翰林院外，专门设立了武英殿修书处。先后共纂书60余种，其中的《康熙字典》、《佩文韵府》至今仍是重要的工具书。另编《图书集成》，费时20年，成书万卷，是我国文化宝库中的重要财富。
清朝初期，为欧洲资本主义、殖民主义服务的传教士不断来中国进行活动，他们向中国介绍西方的科学文化和宗教，特别注意进行上层活动，以引起帝王的兴趣。康熙帝玄烨跟他父亲顺治帝不同，并不喜欢宗教，而是热衷于西方的科学技术知识，以便使之为自己服务。利玛窦宣传的天主教，允许教徒祭天祭祖祭孔，与中国传统习俗不悖，教士们都袭用利玛窦的作法，所以跟清王朝没有发生尖锐的矛盾。后来罗马教庭进行干预，认为中国教徒的祭天祭祖祭孔是一必须禁止的异端，并张贴教皇谕旨大肆宣传。康熙帝玄烨认为这是干涉中国内政，坚决予以制止，但这种情况并未妨碍玄烨向西方科技文化学习。
南怀仁是第一个受聘向康熙帝传授西方科学文化的传教士。当时围绕着汤若望和他，还出现了一场历法之争，原来明代使用的历法是大统历和回历，因年代已久，许多数据与天象不合，后来德国传教士汤若望重新编了新历书，顺治二年多尔衮以《时宪历》颁行全国。鳌拜专政时，杨光先出面弹劾《时宪历》有依西洋新法字样为图谋不轨，遂将汤若望下狱，仍行大统历和回历。因与天气不合，又有人弹劾钦天监监正杨光先。康熙帝玄烨遂把杨光先和南怀仁召集来当面论征，杨光先无言可对，南怀仁用日晷投影准确计算，说得有条有理。康熙帝遂采纳南怀仁意见，重新推行《时宪历》。
这场争论，进一步提高了康熙帝玄烨对天文历法的兴趣。他请南怀仁专门讲解天文学，在学习中非常重视实践，亲自观察天象，计算日晷阴阳位置，纠正钦天监的错误，对天文学有了较深的造诣。学习天文学不懂数学不行，玄烨便让南怀仁给他上数学课，南怀仁用满文编译了《几何原本》作为他的教材。玄烨还学习了代数和三角，由于学习这些知识有较大困难，玄烨采取了灵活多样的方法，如把原书的译者找来讲解，用默写的方法加强记忆，学用结合，学了几何就用于实地测量，用同类书加以比较以加深理解等等。公元1712年，康熙帝组织科技人员编了一套《律历渊源》丛书，其中《数理精蕴》就是在他直接指导下编成的一部数学着作。
玄烨专门向传教士学习了地理学，而且学以致用。无论巡游或出征，他都注意调查地理形势，了解风土人情，广询方言，详考图籍，务得其正。康熙三十六年即公元1697年出征噶尔丹时，康熙在宁夏进行测量并说：“朕至此以仪器测量北极，较京师低一度二十分，东西相去二千一百五十里。”同年春，康熙帝玄烨行经沙漠地区，发现沙漠里有螺蚌甲壳，得出沙漠早期为海底的认识。可见康熙帝对地理学是颇为内行的。
康熙帝玄烨对西方医学也下力进行学习，他命巴多明用满文译了法国皮理着的《人体解剖学》。阅读有关消化、营养、血液循环等书稿，特别注意有关心脏、肺脏、血管等方面的问题，并结合中医书进行比较研究。
康熙帝玄烨对农业给予极大的关注，他说：“自幼喜观稼穑，所得各方五谷菜疏之种，必种之，以观其收获。”“诚欲广布于民生或有裨益。”
我国约在11世纪即已推行双季稻，但当时是以间种形式进行，早稻未收即开插晚稻。康熙玄烨提倡的御稻种双季稻则不同，它是连作的双季稻，亩可增产二石。当时除在苏、扬二州推广外，江西、浙江、安徽等省的官吏和两淮商人，也都纷纷请种。江南稻作再熟由来已久，但连作之双季稻，大约以“御稻种”为最早。此外，康熙帝玄烨还大力在塞外推广农业，改变这些地区农业落后的局面，取得很大成绩。
整治水患，灌溉粮田
在清代屡屡酿成水患的有黄河、永定河、长江及浙江海塘。从康熙年间至乾隆年间，清政府拨巨资对水患进行治理。
淮河在历史上很少为患，自13世纪90年代黄河在阳武决口之后，黄河水即奔腾而南，汇入淮河，从淮河入海。黄河入淮既造成水流量剧增、水位迅长，也造成大量泥沙淤积河床，河水倒灌洪泽湖，暴涨的洪泽湖水时刻威胁着扬州、泰州、淮安、高邮等富庶之地。
康熙十六年即公元1677年，黄、淮泛滥，从砀山至海口，两岸决口七八十处，洪泽湖上的高堰大坝，决口三四十处，翟家坝被冲成四段，山阴、高邮、宝应、盐城、兴化、泰州、如皋等州县已被洪水淹没。沟口运河因河水四溢，反淤为陆地。
康熙任命靳辅为河道总督，靳辅在视察灾区后提出：“沟口以下不浚筑，则黄、淮二水无所归；清口以上不凿引河，则淮水之流不畅；高堰之决口不尽封塞，则淮水派分无刷河之力。”“黄河南岸，不筑堤防，则高堰危险，北岸不加防闲，则山东必受冲击，故筑堤岸、疏下流、塞决口，但有先后，而无缓急。”并提出利用疏浚河道的淤泥在两岸筑堤，修浚连接洪泽湖与黄河之间的运河，加固洪泽湖东岸高堰一带堤防，修复周桥闸至翟家坝被冲毁的堤岸，加深淮阴清口至高邮清水潭段运河等具体建议。
公元1678年，靳辅的治河方案付诸实施，在10年的时间内高堰、王家冈、武家墩等处决口得到堵塞；清江浦至云梯关的河道得到疏浚，且筑堤1.8万丈；在清水潭以西筑堤920丈，以东筑堤600余丈；在徐州、宿迁筑减水坝13座，修建毛家铺减水闸、王家山减水闸、大谷山减水闸，又在归仁堤、拦马河、清口建石闸。靳辅还组织挖掘一段运河，自骆马湖凿渠，经宿迁、桃源，至清河仲家庄山口，全长300里，使得漕船不必再经黄河入运河。
在疏浚下游的过程中，因“下河形如釜底，近海转高，浚之水不能出，徒令海水倒灌为患”，靳辅受到弹劾，并因此被夺官。此后康熙在三次途中，巡视高堰、洪泽湖、徐家湾、翟家坝等治河工地，实地考察，仍未能找出疏浚下游、使河水尽快入海的有效办法。
康熙年间的治河，虽未从根本上解决黄水水患，但在一定时间内还是减轻了水患的程度。乾隆即位后，黄水为患又日趋严重：乾隆七年即公元1742年，黄河在丰县石林、黄村决口，民田全部被淹没；公元1753年，黄河在铜山张家马路一带决口，江苏、安徽数十州县百里内，皆被洪水所侵；公元1774年，黄河又在老坝口决口，板闸、淮安被淹；自乾隆四十三年即公元1778年以后黄河更是连年决口，甚至一年数次。大规模治河任务再次提上清朝统治者的议事日程。
由于黄河屡屡决口，堵塞决口已成为经常性的事务，从乾隆四十三年至乾隆四十六年仅仅封决口就堵筑五次，耗帑560万两。青龙冈决口，屡堵屡塌，只得另开引河170里，导水下流，此次工程耗帑900万两。
在砀山县毛城铺建减水坝，开凿引河，使一部分黄水流入濉水，经安徽宿州、泗川流入洪泽湖，此段引河全长六百里。黄水分流减轻了徐州段河道的压力，黄水在分流后在洪泽湖内可得到沉淀，再从清口流出汇入黄河。
为解决黄河下游河道被泥沙堵塞的问题，自乾隆二十二年即公元1757年起，在河南、山东、江苏、安徽等省疏浚河道。其中河南省疏浚干河四条——贾鲁河、惠济河、涡河、巴沟河，又疏浚支河34条。山东境内疏浚河道也取得可观成就，在鲁西南疏浚河60余条，胶东疏浚河30余条，江苏省疏浚石羊沟、董家沟、廖家沟、芒河；安徽省疏浚淝河、茨河、沙河、浍河、濉河。
永定河又名无定河、浑河，素有小黄河之称，河水中所挟带的大量泥沙淤积在下游的河床上，致使下游经常决堤、改道。康熙时期曾花费大量人力、物力对永定河进行治理。筑永定大堤，固定下游，并把河水引入三角淀，使河水中的泥沙得到沉淀。至雍正时期，因三角淀积沙过多，河水不能及时排泄入海，河患又日益严重，至乾隆中叶，永定河已六次改道。
为治理永定河，乾隆多次视察永定河，认为永定河之所以为患，主要是因为上游之水无法分泄，下游积沙过多不得畅流。针对这些问题，他提出在其上游蓄洪拦沙，中游疏浚分流，下游改移下口的综合治理方案。
乾隆初年，采纳治河名臣高斌的建议，在永定河上游的宣化黑龙湾、怀来和合堡等地修拦洪滞沙大坝。对中游的治理，则采纳鄂尔泰、方观承等人的建议，修建金门闸减水坝，改建其他草坝、土坝，疏浚河道，分流减水。在对下游的治理上，意见最为纷纭：顾琮主张筑堤、散流、匀沙；鄂尔泰主张建闸坝、开引河；方观承则主张改移下口，另寻沉积水中泥沙的处所。直至乾隆二十年即公元1765年，乾隆才做出大规模改道的决策。当河水流经永清县贺尧营后，折向东流，挖引河20里，把永定河引入凤河，再流入沙家淀，沙家淀方圆百余里，永定河水中的泥沙在淀中沉淀后流出，使得下游不致很快被淤塞。
为防海潮浸灌，江、浙沿海筑有500里的堤塘，亦称之海塘。钱塘江出口处系海塘工程的重点。在钱塘江出口处原有供海潮出入的南大亹盛、北大亹以及在南北两大亹之间的中、小亹。康雍时期南大亹因沙滩淤涨被堵塞，乾隆初年中、小亹相继被堵。自乾隆二十年即公元1755年以后，潮水出入全靠北大亹，海宁一带塘堤被冲。
乾隆下令加固海宁一带海塘，从浦儿兜至尖山头鱼鳞，修筑石塘6000丈。公元1762年，乾隆帝第三次南巡时，乾隆亲至海宁视察，因该地沙土浮活，决定修缮柴塘。乾隆四十九年第六次南巡时，乾隆拨款500万两，“着将柴塘上土之后，顺坡斜做，并于其上种柳，俾根株盘结”。
在科学技术尚不发达的清代，上述治水工程虽不能从根本上消除水患，却也在一定程度上减轻了水患造成的危害。
用兵边疆，平息叛乱
在明末清初时期，我国蒙古族分为漠南蒙古、漠北蒙古和漠西厄鲁特蒙古三部，漠南，漠北蒙古在清初都已称臣纳贡，漠西厄鲁特蒙古也已归属于清王朝。17世纪上半叶，沙俄侵略者东进，多次遣使潜入厄鲁特蒙古，鼓动其脱离中国，归顺沙俄。厄鲁特蒙古首领巴图尔珲台吉不许，沙俄阴谋未能得逞。顺治三年，巴图尔珲台吉死，子僧格继位，沙俄又遣使活动，遭到僧格拒绝。厄鲁特内部发生纷争，巴图尔珲台吉的第六子噶尔丹从西藏赶回，夺取了政权。康熙十年即公元1671年，噶尔丹一面遣使与沙俄勾结，一面征服整个厄鲁特蒙古，并攻占了新疆和青海广大地区，准备东进，发动更大规模的叛乱。康熙二十七年即公元1688年，噶尔丹在沙俄的支持下，对漠北的喀尔喀蒙古发动进攻，两年后竟攻入内蒙古地区，一直打到距北京只900里的乌珠穆沁，叛乱的形势日益严重了。
面对严峻的局势，康熙决定亲征噶尔丹。当时朝中多数大臣主张同噶尔丹妥协，康熙则认为噶尔丹一日不除，边陲就一日不宁，只有平定叛乱，才是万年之计。公元1690年6月，康熙排除各种干扰，亲临狂风怒号、惊沙扑面的塞北，指挥大军迎战噶尔丹。两军在离古北口400余里的乌兰布通相遇。噶尔丹用万头骆驼俯伏于地，在驼背上搭上箱垛，盖上湿毡，布下“驼城”防线。清军用火炮击破驼城，噶尔丹惨败，丢弃辎重落荒而逃，2万余人仅有数千人逃还。
噶尔丹逃跑后，扬言沙俄欲借兵6万帮噶尔丹进犯漠南。公元1695年，康熙帝玄烨诏令噶尔丹来塞北会盟，噶尔丹拒绝了诏令，并扬言必灭喀尔喀蒙古。接着就带领3万骑兵大举内犯漠南，又企图卷土重来。为了国家统一，康熙帝决定再次亲征。公元1696年春，康熙帝玄烨把北征军分为三路：东路由黑龙江将军隆布素由东向西沿克鲁伦河进击；西路由大将军费扬古、振我将军孙思克率西北绿营步兵出宁夏挺进漠北草原；中路由玄烨亲自率领劲旅出独石口。期以正面攻击，西翼包抄，聚歼噶尔丹。
康熙帝玄烨一路上备尝辛苦，宿营后即调查水草情况，牲畜动向，到宿营地慰问安抚将士，鼓舞部队。东西两路军也克服重重困准，到达指定地域。噶尔丹见清军阵容严整，不敢进行决战，便留少数部队与清军周旋，主力迅速撤逃。康熙帝玄烨挥军穷追不舍，直抵乌兰巴托附近的达拖塔山，并命西路军兼程前进，断其归路。噶尔丹退到土谢图部中旗昭莫多地方，遇到清西路军，双方展开了激烈的战斗，噶尔丹败北，清军追击30里，敌大部被歼，噶尔丹连夜溃逃。这是一次决定性的胜利，给沙俄支持的叛乱以毁灭性的打击。此次亲征，康熙皇帝还进行了有效的统战工作，分化瓦解了原依附噶尔丹的一些蒙古部落，让它们归顺清朝，使噶尔丹更加走向了孤立。
