两年后，噶尔丹统治集团内部矛盾重重，处于分崩离析之地。康熙帝又抓住机会，第三次亲征噶尔丹。亲征之前，他针对一些将领有轻敌思想，告诫将领：“凡用兵之道，要在乘机，噶尔丹穷迫已极，宜乘此际，速行剿灭，断不可缓……克成大事，正在此举。”公元1697年，康熙帝玄烨亲率大军西渡黄河到达宁夏，他命令内大臣马思哈和萨布素、费扬古两将军分两路北上，夹击噶尔丹。这时噶尔丹可以有三个选择：一是逃往西藏，但这条路已被清军费扬古部切断；二是逃往沙俄，但沙俄见他已无多大力量，拒绝了他赴俄的请求；三是投降清王朝可以得到宽大处理，然而这是他坚决不干的。他的儿子赴哈密筹粮，被维吾尔群众绑交清军。日暮途穷的噶尔丹走投无路，不知所措，在一夕数惊的日子里染病死去。他的女儿率300残卒投清，噶尔丹叛乱全部平息。平叛噶尔丹扫除了漠北、西北不安定的因素，有效地抵御了沙俄对我国西北的觊觎和入侵，保证了我国领土的完整。
在乾隆帝统治时期，大金川首领莎罗奔公开叛乱。乾隆帝命张广泗为四川总督，全力进剿。莎罗奔负险顽抗，清军多次失利。乾隆帝又派大学士讷亲前往督师，讷亲趾高气扬，一到前线，就严令三天攻下大金川据点噶耳崖，否则以军法从事，结果是损兵折将，讷亲自感失误，从此不敢自出一令。张广泗受了讷亲的斥责，对讷亲不知兵而事权反出己上感到不满，故负气推诿。过了半年，银饷花费不计其数，而战功却无。乾隆帝大怒，立命将张广泗逮治来京，说他“负恩忘国”，按律斩首。接着传旨，命讷亲回奏，讷亲尽把责任推给张广泗。乾隆帝将讷亲的奏折掷到地下，命侍卫到讷亲家，取出讷亲祖父遏必隆的遗剑，派人送往军前，令讷亲自裁，实际上就是赐死。讷亲自知不免一死，遂用这把祖剑自刎。乾隆帝另派大学士傅恒为经略，增派军队，和岳钟琪分两路进剿。莎罗奔乞降，大小金川遂告平定。乾隆帝十分高兴，对傅恒优诏褒奖，把他比作平蛮的诸葛武侯，封他为一等忠勇公，岳钟琪封被为三等威信公。在凯旋时，乾隆帝命皇长子和诸王大臣效劳，他亲自在紫光阁行饮至礼，并在丰泽园赐宴随征将士。
公元1766年，大金川再次叛乱。乾隆帝命四川总督阿尔泰率军往剿，多年无功。乾隆帝下令杀了阿尔泰，另派大学士温福督师，以尚书桂林为总督再征大小金川。用兵数年，劳师靡饷，清兵却接连受挫。公元1773年，因温福已战死，桂林无功，乾隆帝以阿桂为定西将军，严令剿灭叛匪。至公元1776年，阿桂攻克了大金川的最后据点噶尔崖，叛乱被平息。叛乱头目索诺木和莎罗奔率家族20余人出降。乾隆帝封阿桂为一等诚谋英勇公，并画像入紫光阁。此役后，改大金川为阿尔古厅，小金川为美诺厅。
公元1755年，乾隆帝派兵平定准噶尔部的叛乱。康熙帝和雍正帝对准部多次用兵，但未彻底解决问题。准部时服时叛，成为清廷一块很大的心病。在厄鲁特蒙古内附后，乾隆帝感到形势有利，遂命班第为定北将军，以归附的阿睦尔撒纳为定边左副将军，分两路向准噶尔部进攻。准噶尔军纷纷投降，接应清军。清军兵不血刃进入伊犁，叛乱头目达瓦齐见势不妙，率数十人往南疆逃窜。南疆维吾尔族各部纷纷响应清军，摆脱准噶尔的统治。达瓦齐逃到乌什，被维吾尔人民擒获，押送清营，继而被解送北京。乾隆帝痛斥了达瓦齐叛国的罪行，但为了照顾民族关系，赦免了他的罪过，还封他为亲王，让他住在北京并给他很好的待遇。
乾隆帝在平定了达瓦齐的割据势力后，为了削弱准噶尔部的割据势力，把厄鲁特四部封为四汗，使各管所属。但是，阿睦尔撒纳自恃平叛有功，一心想当四部的总汗。乾隆未答应他的这种要求，但给了他特殊的荣宠，晋封他为双亲王，食双俸。他仍不满足，制造分裂的野心也恶性膨胀起来。他不穿清朝官服，不用清朝官印，行文各部“以总汗自处”，积极准备叛乱。公元1755年9月，乾隆帝命他到避暑山庄入觐，想调虎离山，消患于未然。阿睦尔撒纳看出了清廷的用意，在半路上逃回，公开打出了叛乱的旗帜。
叛乱迅速扩大，驻守伊犁的班第兵败被杀。公元1757年，乾隆帝命衮札布为定边将军，出北路；命兆惠为伊犁将军，出西路。清军长驱直入，锐不可挡，阿睦尔撒纳仓皇逃入俄国。后来，他因患天花病死，俄国把他的尸体送给清廷。
南疆接着又发生了大小和卓木的叛乱。大小和卓木就是霍集占兄弟。叛乱迅速蔓延，乾隆帝派往南疆的使臣也被杀害。兆惠刚平定了天山北路，乾隆帝又命他立即率军赴南疆平叛。兆惠率领的清军仅3000人，被霍集占率领的1万多叛军围困在黑水。包围历时3个月，叛军始终未能攻破。乾隆帝命驻守乌鲁木齐的将军富德赴南疆增援。霍集占在清军的内外夹攻下迅速土崩瓦解，霍集占兄弟被当地部族杀死，这场叛乱最后被平息。
乾隆帝鉴于准噶尔部屡次发生叛乱，便于公元1762年在惠远城设伊犁将军，总辖新疆南北两路事务，从而加强了中央政府对新疆的统治。
打击腐败，惩治贪污
清朝初期，在明末农民战争的打击之后，社会风气较明朝有所好转，但贪赃腐败现象仍有出现。康熙帝初年的鳌拜就是一例。鳌拜对清朝的创建立有大功，曾被顺治帝遗命为四个辅政大臣之一。但他居功自傲，专横跋扈，根本不把年幼的康熙放在眼里。同时，他还肆无忌惮地贪污受贿，圈占民田。康熙帝对他十分愤恨，但一直不露声色，待到时机成熟时才将他一举擒获，铲除了这个国家的蛀虫。
康熙晚年，法禁松弛，吏治又趋败坏。雍正帝即位后，为维护清朝统治，对吏治进行了大力整顿。他认为，当今的官员一面损公肥私，一面却通过假仁假义来沽名钓誉，结果落得“名实兼收”，可是百姓却深受其害。在即位元年即公元1722年元旦的诏书中，雍正帝对这种恶习作了无情揭露，要求官员廉洁奉公，实心实意地去办事。雍正帝即位一个月，就向户部下令清查钱粮亏空，要求各省自行清查，如有亏空，限三年之内补上，否则从重治罪。在中央，经过清理，发现户部库银亏空250万两，雍正责令该部历任堂官、司官和吏员赔偿150万两，另100万两由户部逐年弥补；在地方，清查工作普遍展开，发现有贪赃的，不管原任、现任，一律逮捕审查。第一年逮捕的就有巡抚、布政使、按察使等地方大吏多人。此后，雍正还实行了耗羡归公、养廉银等制度。这些措施取得了很大的效果，打击了贪官污吏，使吏治有所澄清。
尽管康熙、雍正诸朝，一直抓住惩治贪污不放，到乾隆时期，仍然是贪官日多，贪额日巨。乾隆帝弘历便抓住这个吏治的中心问题，采取了更加重视、更为严厉的政策。在用人问题上，弘历比他的父亲、祖父更重视德，对不德的贪污犯决不手软。公元1749年，乾隆帝弘历见督抚处理贪官过轻时说：“此等劣员，多留一日则民多受一日之残，国多受一日之蠹。”他认为，斧锧一日未加，则侵贪一日不止，非严厉处置不行。公元1750年，他告诫臣工，“不可为贪吏开幸生之路”。乾隆在位时期，二品以上的贪官就杀掉30人。
乾隆帝弘历很重视用法绳制贪官，他尊重并执行康熙、雍正惩治贪污的法律，并进行改定和增补，使惩贪法制更加完善。总的是法律规定的更严了，贪污千两以上的照例斩监候，贪污千两以下的分三等，都要加重刑罚。如代赔帑项限期不完之罪，不准纳赎；蠹役犯赃刺字，以防日久事冷，钻营复职。另外，还颁布各种禁令，如严禁上司留请属员用膳时勒索押席银两。这种禁令实际起了法制作用，使惩贪方略更为丰富了。
弘历的惩贪不仅次数多，惩办的多，处死的也多。举凡督抚大员处斩或赐自尽的，必有贪污之罪。即或不处死的，也必给予惩处。在处理贪污时，都要实行连坐，目的在于革除官官相护的恶习。
弘历惩贪的面积广，不仅是狭义的贪污，举凡亏空、欺冒、挪移等，都在严惩的范围之内。既重刑治，又必追赔。公元1782年，皋兰等34厅、州、县侵亏库银、粮草等，先后正法者56人，被勒令摊赔42万两。弘历的反亏空，偏重于追赔。在追赔中也实行连坐，追到直系亲属、旁系亲属、上司属员甚至朋友。在反勒索方面，无论是上司对属员的勒索，还是官吏对人民的勒索，都须予以痛反。
乾隆帝弘历不仅严惩那些贪官污吏和他们的不法子弟，而且对帮助贪污的胥吏、长随和幕友等，也痛加惩治。这些人在他们的贪官主人面前，为虎作伥，自己捞了不少东西。乾隆帝弘历诏谕外省、各衙门的幕宾，有暗中联结私通线索者，必须加意防范，严密稽察。弘历对贪官污吏的爪牙严厉惩罚，使贪官的勒索受到一定限制。
上述这些政略之施行，使清政治、军事、经济、科技和文化等得到很快发展，有的远远超过了过去历代的水平。正因为如此，清前期出现了崛起和中兴的局面。而中国的崛起和强大，令外敌只能望而却步，富有侵略性的沙俄就是如此，当其入侵中国的东北和西北遭康熙率兵对之打击后，再也不敢肆意发动对中国的侵略了。
（附）：康熙帝执政之外的简况
清朝崛起和中兴在“康熙盛世”。康熙在执政中的作为已在上述文中作了简介，这里对其执政之外的情况略作介绍：
8岁入主皇宫
爱新觉罗·玄烨，即康熙皇帝，是顺治皇帝的第三个儿子，生于顺治十一年（1654）三月十八日。他的生母叫佟氏。佟氏的祖父佟养真跟随清太祖努尔哈赤兴兵抗明，是清朝的开国功臣。她的父亲佟图赖是汉军正蓝旗人，也屡建战功。佟氏家族也因此成为八旗汉军中显赫一时的名门大族。顺治皇帝为了缓和民族矛盾，改变在蒙古贵族中选妃的旧俗，开始在汉军中选妃后，佟氏被选入清宫。但佟氏不受顺治宠爱，因此，玄烨也遭顺治帝的冷落。
值得庆幸的是，玄烨的祖母孝庄皇太后对玄烨母子格外钟爱。她派自己的侍女苏麻喇姑协助保姆照看玄烨，教他读书写字。她还经常亲自对玄烨加以教诲。自玄烨懂事，孝庄皇太后便在各方面培养他良好的习惯和高尚的情趣。祖母的教诲犹如春风化雨滴入幼年玄烨的心田，这不仅在一定程度上补偿了他所渴望的父爱，更重要的是培育了他日后作为帝王不可缺少的品质。玄烨也果然不负祖母的期望，从小好学，喜欢骑射，不喜饮酒，可谓少年老成。
尽管孝庄皇太后一直在用未来君主的标准培养玄烨，但顺治却一心一意要让宠妃董鄂妃所生的皇四子做太子。谁曾想，皇四子福薄命浅，才3个月便夭亡了。从此，玄烨的处境才有了好转。玄烨6岁时，同哥哥福全、弟弟常宁一同进宫拜见顺治。向父皇请安完毕，顺治便问儿子们有何志向。常宁年仅3岁，不会回答。福全为庶妃所生，年纪长但地位低，他答道：“愿意做一个贤王。”而玄烨则高声回答：效法皇父，勤勉尽力。顺治知道这是太后的安排，开始有了由玄烨继承皇位的想法。两年后，年轻的顺治皇帝一病不起，在孝庄皇太后的坚持下，顺治立下了以玄烨为皇太子的遗诏。
顺治十八年（1661）正月初九，玄烨在孝庄皇太后的亲自主持下，登上皇位，改次年为康熙元年。孝庄皇太后由此又担负起辅佐第二代幼主——康熙的重任。康熙即位第5天，孝庄便向王室宗亲、文武大臣发出谕旨：要报答我的儿子顺治皇帝的恩情，就要偕四大臣同心协力共辅幼主，这样才能名垂万世。太后的威严与对皇孙的深情溢于言表。四大臣辅政，也是孝庄皇太后同顺治反复考虑后采取的新体制。按清代旧制，由宗室诸王辅佐幼主处理政务。太后对顺治初年睿亲王多尔衮摄政后独断擅权的往事记忆犹新，所以一改旧制，让元老重臣佐理政务，而把决策权抓在自己手中。除此之外，太后把更多的精力放在指导康熙学习执政上。她谆谆教导康熙，要不辜负百姓的期望，要宽裕慈仁、慎言谨行，继承祖先基业。一次，当着满朝文武，太后问康熙平生最希望的是什么。康熙毫不迟疑地回答：“惟愿天下义安，生民乐业，共享太平之福而已。”听到皇孙的宏愿，太后不由得颔首微笑，大臣们也齐声称颂。康熙对朝政处理得当之事，太后总是全力支持。平定吴三桂叛乱时，太后将宫中所存银两、绸缎赏给出征的将士，士气大振。康熙也由此感受到祖母的信任，信心和勇气倍增。
少年亲政
康熙即位时，还不满8岁。他尽管在祖母悉心培育下大器早成，但担负管理国家的重任还为时过早。好在顺治在遗诏中已做安排，委托索尼、苏克萨哈、遏必隆和鳌拜辅政。四大臣在顺治帝的灵位前曾立下誓言：要竭尽忠诚，不谋私利，不结党羽，不受贿赂，忠心仰报皇恩，全力辅佐君主。四大臣中的索尼、鳌拜和遏必隆都是两黄旗人，是跟随清太宗南征北战的元老勋臣，后来又拥立年幼的顺治皇帝即位。多尔衮擅权时，由于他们忠于顺治，被视为眼中钉，先后被革职、削爵并籍没家产。直到顺治亲政，他们才复了职，并且进一步受到重用。四大臣中的苏克萨哈虽是多尔衮属下的近侍，但他在多尔衮去世后，检举多尔衮殡葬服色违背祖制并企图谋反的罪行，深得顺治帝和太后的信赖。长期以来，他们对顺治帝和太后忠心耿耿，所以能以异姓臣子的身份位居宗室诸王贝勒之上，担起辅佐幼帝康熙的大任。
辅政之初，四大臣遇事协商，凡欲奏事，一同进谒皇帝或太后，待太后决策后，再由他们以皇帝或太后的名义发布谕旨。辅政大臣虽无决策权，但他们可以入直、票拟并代幼帝御批，后来鳌拜专权乱政就钻了这个空子。
鳌拜是镶黄旗人，是清朝开国元勋费英东的侄子。显赫的门第和卓着的战功使他青云直上，位至公爵。鳌拜野心勃勃，善于玩弄权术，骄横跋扈，人多惮之。身为四朝元老的索尼尽管德高望重，这时已年老体弱，力不从心了。遏必隆为人怯懦，没有主见，又加上与鳌拜同属一旗，利害相关，所以总是随声附和。苏克哈萨虽然在四大臣中仅居索尼之次，但他资望浅，又与索尼素有嫌隙，与姻亲鳌拜也时常反目，常常在辅臣中处于孤立无援的境地。这样，协商辅政的局面不久便被打破了，大权逐渐落到了一心独揽朝政的鳌拜手中。他任人唯亲，广置党羽，不断扩大自己的势力。大学士班布尔善、吏部尚书噶褚哈、工部尚书济世都是他安插在要害位置的亲信。遇到政事，他们常常私定对策，然后才上奏皇帝，甚至拦截奏章，阻塞康熙同臣下的直接联系，以便把持朝政，架空幼帝。
