二子秦王朱此时最长，但他实在是不成器，荒唐成性。四子燕王朱棣文韬武略，是个不错的人选。一次，朱元璋对几个心腹大臣流露出立燕王的可能性时，翰林学士刘三吾认为不可，“立燕王，置秦、晋王于何地？且皇长孙四海归心，皇上无忧矣。”朱元璋于是下定决心，九月，立朱允炆为皇太孙。
洪武三十一年（1398），开国皇帝朱元璋病逝，遗诏命皇太孙朱允炆继位。朱元璋在遗诏中明东陵享殿遗址说朱允炆“仁明孝友”，这是为史家所认同的。如此，在顺位排列之中，朱允炆并没有比朱元璋的二子秦王朱樉，
三子晋王朱更靠前，但是秦王实在很不争气，经常在封地搞搞震，刚刚被朱元璋叫到京师来当面痛骂，若不是朱标劝阻，只怕连亲王都没得当；晋王也一样是个完蛋货，不但性格暴虐，据说还有谋反的念头，也是老好人朱标保了他一条性命。
而在朱元璋心中最合适的人选却不是顺位最靠前的二位，而的确是燕王。朱棣从小就很懂得韬光养晦外加留心民事外加勇猛善战，会用丰登五谷当礼物奉献父王，征讨蒙元也有硬梆梆的战功；相比从小就娘娘腔的朱允炆来说，当然更讨马上出身的朱元璋欢心。
明成祖朱棣，是明朝的第三个皇帝。他是开国皇帝朱元璋的第四子，朱棣的性格颇像其父朱元璋，他的一生跌宕起伏。洪武二十三年（1390），燕王朱棣率军征讨蒙古乃儿不花，大获全胜，从此声名大振，也为后来靖难之役的胜利积累了宝贵的经验。侄儿建文帝登基后锐意削藩，藩王人人自危，而燕王为强藩之首更是削藩的主要目标。明成祖朱棣，是朱元璋的第四子，生于元末群雄争锋的年代。元至正二十年（1360）朱棣出生，11岁被封为燕王，17岁迎娶徐达长女，21岁带着金成祖像册金宝就藩北平。40岁以“靖难”名义兴兵，四年后从他的侄儿建文帝手中夺得了大明江山，在位22年，改年号为“永乐”，谥号“文皇帝”，故又称“文皇”，庙号“太宗”，世宗改“太宗”为“成祖”，死后葬于长陵。朱棣的性格颇像其父朱元璋，同时也是继朱元璋之后又一位雄才伟略的皇帝。他的一生跌宕起伏。
洪武二十三年（1390），燕王朱棣率军征讨蒙古乃儿不花，大获全胜，从此声名大振，也为后来靖难之役的胜利积累了宝贵的经验。侄儿建文帝登基后锐意削藩，藩王人人自危，而燕王为强藩之首更是削藩的主要目标。建文元年（1399）七月，朱棣起兵。4年后，从金川门入京师，建文帝不知所终，朱棣即皇帝位。他南征安南，五入漠北，迁都北京，编修《永乐大典》，派郑和六下西洋，正如《明史》所说“文皇少长习兵，据幽燕形胜之地，乘建文孱弱，长驱内向，奄有四海。即位以后，躬行节俭，水旱朝告夕振，无有壅蔽。知人善任大明太宗皇帝御制集，表里洞达，雄武之略，同符高祖。六师屡出，漠北尘清。至其季年，威德遐被，四方宾服，明命而入贡者殆三十国。幅员之广，远迈汉唐。成功骏烈，卓乎盛矣。”朱棣在位期间，文治武功，可比汉、唐。然而，他性情暴戾，制造了几起血腥大案，如瓜蔓抄、诛十族、后宫惨案等，“革除之际，倒行逆施，惭德亦曷可掩哉”。
明太祖有子二十六人，长子朱标封皇太子。第九子朱杞及幼子朱楠早亡。其余诸皇子及侄孙一人先后封为藩王。
明初封建诸王除了内巩皇权，还要外抗北元（元朝残余政治势力）。所以，朱元璋赋予了某些藩王统军之权，特别是分封在北边军事要地的诸王，皆预军务，故称“塞王”。晋王、燕王，皆受命指挥边防大军，筑城屯田，大将军冯胜及傅友德，都曾受其节制，军中大事，二王可直接奏闻。
宁王受封后，也拥有军队，号称“带甲八万、革车六千”。其余诸王中，秦、代、肃、辽、庆、宁、谷、安等王，大体上都分布在东北、北方和西北的一条边防线上。
朱元璋虽然分封诸王，但是，对他们的要求一直是很严格的，他在给次子秦王朱樉的分封诏书中指出：“关内之民，自元氏失政，不胜其敝。今吾定天下，又有转输之劳，民未休息。尔之国，若宫室已完，其不急之务悉已之。”而后秦王没有能够完全达到乃父的目标，因而在死后被朱元璋责备说：“夫何不良于德，竟殒厥身。”朱元璋在万里之外对诸王的生活小节也异常关注，晋王朱棡因为责罚厨师不当，朱元璋竟然亲自写信相告：“吾帅群英平乱，不为姑息。独膳夫徐兴祖，事吾二十三年未尝折辱。怨不在大，小子识之。”
严父兼君王的一番关爱之情跃然纸上。所以，诸王尽管权力较大，然而对于朱元璋则敬畏有加，朱元璋作为他们的父亲和皇上也自然很难站在另外的角度来考虑诸王对于国家的某种潜在的威胁。
有识之士对此却是洞若观火，明初著名能臣卓敬、叶伯巨等就先后上书指出分封的弊端所在。卓敬说：“京师，天下视效。陛下于诸王不早辨等威，而使服饰与太子埒，嫡庶相乱，尊卑无序，何以令天下？”而叶伯巨的论证就更加理论化了。他严正的说道：“秦、晋、燕、齐、梁、楚、吴、蜀诸国，无不连邑数十。城郭宫室亚于天子之都，优之以甲兵卫士之盛。臣恐数世之后，尾大不掉，然后削其地而夺之权，则必生觖望。甚者缘间而起，防之无及矣。”而在上书之前，叶伯巨就料到可能会遭到不测，他慨然的对朋友说：“纵无明诏，吾犹将言之，况求言乎？”他还预见封王这件事是“难见而患速。”果然，朱元璋以离间骨肉的罪名下叶伯巨于监狱，而后死于狱中，但是，叶伯巨的远见在后来得到了充分的证实。
其实，就朱元璋自己而言，他也不是不知道分封的利弊所在，然而由于他地位的特殊，所以，他并没有把这件事看的如何之大，直到卓敬等人一再指出后，他也不得不承认“尔言是，朕虑未及此”。可是，他说归说，并没有付诸于事实和行动，由于他的拖延不觉，直接导致了诸王的尾大不掉，酿就了靖难的苦果。
经过四年的战斗，朝廷军队最终难以低档强大的燕军，朱棣率军攻进了南京城。燕军已破城而入，建文帝欲拔刀自尽。翰林院编修程济曰：“不如出亡”。少监王钺在侧拦住：“陛下不可轻生，从前太祖升遐时，曾留有一个箱子，并说‘若有大难，可开箱一视，自有方法’。”建文帝即命王钺取箱，片刻后有太监四人，扛一箱入殿。箱的四围俱用铁皮包裹，连锁心内也灌生铁。王钺取了铁锥，打开一看，里面有三套袈裟，三张度牒（古代和尚的身份证），还有僧鞋，剃刀等物，三张度牒上分别写着应贤、应能、应文。应文自然指的是建文帝朱允文了，应贤、应能分别是指近臣杨应能、叶希贤，众人立刻七手八脚将三人的头发剃掉，帮他们换上袈裟，僧鞋。众人又发现箱子底部还有一封信，上面写着“应文从鬼门出，余从水关御沟而行，薄暮，会于神乐观之西房”，大家按信上所说，分头行动，鬼门在太平门内，是内城一矮门，仅容一人出入，外通水道。建文帝伛偻先出，其余亦鱼贯出门。门外正好有一艘小船，船中有一道士，呼建文帝乘舟，并叩首称万岁。道士说：“昨夜梦见高皇帝，命臣来此守候。
”流亡诸人遂乘舟而去。一切像信上安排的那样，薄暮众人会于了神乐观，从此，众人就保着建文帝开始了漫长的逃亡生活。建文帝叹息道：“天命如此，还有什么可说的？”太监立即取出剃刀，给建文帝剃发。朱允炆脱了衣冠，披上袈裟，藏好度牒；一面命纵火焚宫。顿时火光熊熊，把金碧辉煌的皇宫，烧为灰烬。皇后马氏，投火自尽。妃嫔多半焚死，建文帝痛哭一场，麾衣出走。建文帝有两个皇子：长子朱文奎，7岁，次子朱文圭，2岁。朱文圭，史称建庶人，被成祖幽禁在广安宫，直到英宗天顺年间才被放出来，当时已经57岁了。由于一直被关在宫内，出来时连牛马都分辨不清。然而作为建文帝长子的朱文奎却一直下落不明，《明史》中说“燕师入，七岁矣，莫知所终”。既然朱文奎可以逃脱，没有理由相信建文帝不能出亡。朱棣做了皇帝以后，对于建文帝出亡也是将信将疑，又听说了很多传言，于是派户科给事中胡分巡全国。《明史·胡传》载“惠帝之崩于火，或言遁去，诸旧臣多从者，帝（指成祖）疑之。（永乐）五年遣颁御制诸书，并访仙人张邋遢，遍行天下州郡乡邑，隐察建文帝安在，以故在外最久。”
继位布局：
建文帝即位后，有意结束其祖父尚武的政风，他大力加强文官在国家政事中的作用，将自己的新年号定为“建文”，与乃祖父“洪武”刚好形成鲜明的对照。其中最主要的智囊就是三个饱读诗书的知识分子：
