与中原战场天翻地覆的变化相比，江南战场的局面乏味而无聊。刘芳亮、刘希尧统率赣、粤明军东出浙江，救援宁波，但是预想中对宁波的大举进攻并没有到来。由于洪承畴向庐州抽调了大量兵力去牵制张能，刘之源得知徐州失守之后连夜带着兵马北上，马得功反攻宁波的方案只得无限期推迟。面对洪承畴的乌龟战术，南直隶和浙江的明军只得逐一攻拔绿营兵守卫的据点，消耗掉了大量的时间。洪承畴始终不肯与刘芳亮决一死战，只是忙着深挖沟、高筑墙、广积粮，打定主意要凭借江南的资源和明军长久对耗下去。
南直隶西部是洪承畴要确保的重点地区，也集中了李本深、胡茂祯等最能打的绿营，黄斌卿、郭升、刘汝魁等人多次进攻，均不能奏效，有几次还吃了不小的亏。当年江北四镇的乌合之众，到了洪承畴手下，大变了一番模样，战斗力并不输给明军。但是在浙南地区，清军就没那么多的兵力了，他们一退再退，最后连绍兴都放弃了，又回到了钱塘江沿线，与明军隔江对峙。但是到了这里，清军不肯再退了，马得功死守杭州，刘芳亮两次渡江攻击杭州，皆不能得手。此时亳州之战结束的消息传来，刘芳亮不再试图进攻，将方针改为巩固浙南地区，并设法收编舟山、宁波的友军。
原本朝廷是应该委任一个浙江权将军的，但是此时明朝的中枢无人执掌，此事只能暂缓，浙江之事由刘芳亮全权负责。首先，刘芳亮把台州和温州排除在计划之外，那里现在被郑家占领，暂时不宜去动。刘芳亮主要要处理三个问题：王之仁部的改编；舟山水师的改编；鲁王的待遇。
王之仁的哥哥王之心在闯军追赃助饷的时候被打死了，当然王之心也该死，一个太监家里光是现银就有十五万两，要是崇祯早知道他贪了这么多钱，早就把他宰了。但是这话显然不能和王之仁这么说。水师将领中，沈廷扬的态度较好，他为了抗清已经把家产祖坟全都抛了，如果抗清失败，他面临的就是从精神到物质的全面毁灭，他个人控制的这点军队，困守孤岛，粮饷都没有着落，继续保持这种状态，既无法在抗清斗争中发挥作用，更随时有毁灭之虞。他本来是鲁监国政权的兵部右侍郎，刘芳亮告诉他，只要他愿意，可以继续到武昌朝廷做侍郎。不过沈廷扬没有同意，原因很显然，连刘芳亮都可以随便拍板的官职含金量能有多少？沈廷扬也略有耳闻，武昌朝廷的大学士和侍郎已经授得相当滥了，专门用来安置那些不知道能干什么的文官。沈廷扬更希望出任浙江布政使，这才是现在武昌朝廷体制下真正掌权用事的官职。果然，这件事刘芳亮就做不了主了，可是他也不知道该找谁汇报。
对于李过临终前指定李定国做接班人这件事，不仅刘芳亮不理解，就连李定国自己都不理解。他并非闯营出身，而且按辈分来说，大部分闯营将领都是他的叔父，就算是真在西营将领中，他也只是排在孙可望之下的二号人物。一开始李定国还想辞让，但是袁宗第立刻坚决反对。李定国一让位，亳州前线的将领便以袁宗第为尊，袁宗第无论如何也不能接此位。袁宗第知道李过的考虑，他和刘芳亮功劳、能力、地位、威望俱不分轩轾，而且都是毕竟单纯的战将。统率几万兵马沙场厮杀，这是他们的强项，可要说治国理政，刘体纯都比他们强得多。袁宗第现在管理一个四川尚且力不从心，更不会对大将军之位有所冀望。虽然不知道李过为什么看中了李定国，但是毕竟大家看在李过遗言的份上，谁也不会在这时候跳出来反对李定国，推戴李定国是现在保持明军团结的最好办法，理解要执行，不理解也要执行。有袁宗第的坚决支持，其他人也不可能再反对，李定国同意暂时就任临时代理大将军，但是他的第一道命令就是让袁宗第率领主力部队保护李过灵柩及伤员、辎重返回武昌，暂时代理朝政。马宝、庄鼐、张家玉等山东将领此时也不可能再通过清军重兵把守的徐州返回山东，都随袁宗第一起撤退，将来再伺机从海道返回山东。他身边只留下张能、郝摇旗所部一万人，留在亳州前线，接应在南线抵御洪承畴的张能部下。袁宗第提出要定下河南权将军的人选，以巩固占领地区，李定国提议让张能出任河南权将军，湖南权将军改由贺兰担任，众人俱无异议。
很多西营出身的将领都认为李定国的安排太过危险，湖北现在是党守素做主，各地驻军将领均是闯营嫡系，袁宗第返回武昌之后，就是实际上的皇帝。李定国的大将军之位目前只是众将推戴，还并没有经过合法程序确认，袁宗第回到武昌之后，完全可以让义兴皇帝直接下旨册封直接为大将军，李定国拿他毫无办法。可李定国倒巴不得皇上直接封袁宗第当大将军，那样他就能把担子卸下了。不过李定国也知道，袁宗第不会那么做的，这个人没有那么深的城府，假如真的对自己极为不满，在亳州前线就直接夺权了，哪会等到回武昌。如果他那么做，在亳州有张能、郝摇旗、贺宏器、李复荣、马云翔、郝登云、李明义等一众闯军将领，李定国又怎么斗得过袁宗第，他哪里用得着那一张黄纸。这个大将军之位，李定国是必须得一直做下去了，他也不知道李过究竟看中了自己哪点，对于要如何管理这个江山也毫无头绪，可这副千钧重担总要有人来扛，既然落到了他的肩上，他就一定要扛到自己倒下为止。不会治国，那就去学，古往今来的帝王将相也都是凡人，又有哪个是天生懂治国的，既然他们能学会，那他李定国自然也能。
