清廷当然不会坐视闯军在南方和陕西如此大闹，顺治三年的新年，襄阳、西安等地的告急文书如雪片般飞向北京。浙江鲁监国政权麾下的方国安、王之仁也发动了反攻，攻打杭州，虽然被清朝总督张存仁击败，但毕竟也牵制了清军的兵力。就连南京附近都有明朝的瑞昌王朱谊漇、总兵朱君召在活动，大量的绿营缺乏马匹、盔甲、弓箭，全靠勒克德浑和镶黄旗副都统巴山麾下的满洲兵支撑局面，这支兵马东征西战，已经十分疲惫，伤病员也很多，洪承畴把高进库、张天禄、田雄、马得功、胡茂桢、于永绶、卜从善、李仲兴等部绿营都放到了南直隶西部，以防止刘芳亮顺流东进，由于宫文彩、张家玉等人领导的山东义军又开始频频出击，从山东调来江南增援的绿营柯永盛部不得不返回山东，洪承畴手下的兵力捉襟见肘，也不住地向北京请求援军。
经过了几个月的休整，在之前的战斗中拼得两败俱伤的清军和闯军都算是恢复了战斗力，是时候再来一次对决了，清军决定兵分三路发起攻击。首先是陕西，诸王会商之后，决定以肃亲王豪格为靖远大将军，率领尼堪、满达海、屯齐、岳乐、喀尔楚浑、吴三桂、巴彦、李国翰等人西征陕西，先平定陕北，与何洛会、孟乔芳指挥的关中清军会合，再逐步平定全陕。然后是湖广，整个湖广目前只有襄阳府还在清军的控制之下，面临着闯军主力的威胁，清廷派端重郡王博洛为征南大将军，率领图赖、佟养和、金砺、孔有德、尚可喜、耿仲明、沈志祥等人南征湖广。最后是江南方向，清廷不认为鲁监国和唐监国政权会有多强的战斗力，但是留着他们毕竟是个障碍，而且他们如果被武昌朝廷吞并，清军要对付武昌朝廷就会更加困难，因此派多铎为平南大将军，率领巴布泰、赖慕布、瓦克达、博和讬、曹存性等人进兵浙闽。此时阿济格由于太原、瓦窑堡、襄阳三场战役的战绩都不好，再加上擅自向蒙古人勒索马匹、进军速度迟缓、威胁官员、擅用仪仗、傲慢无礼等问题，被降为了郡王，这一回也没争取到出战的机会。
同时调动这三路大军，所需的人力物力财力已经远远超过了崇祯年间的最强动员能力，所费极为浩繁。在人力上，清朝大批起用绿营兵将，征调蒙古人从军，以补充真满洲兵力的不足，同时也从关外老家调集满洲兵来关内参战。在物力财力上，虽然清朝废除了明朝的三饷，但各种苛捐杂税又压了上来，加紧盘剥，这令各地的反清义军活动得更加频繁。原本清朝答应保全投降的明朝勋贵的财产，这会儿也把自己做出过的承诺当成擦屁股纸扔掉了，赵之龙等投降清朝的南都勋贵的家产全都被抄没，南京守备、魏国公徐青君是中山王徐达的后人，竟然沦落到了替人挨板子为生。
北京朝廷在调兵遣将，武昌朝廷当然也不会坐视不理，除了爆发了土司叛乱的云南之外，湖广、江西、广东、广西、四川、贵州这些接受武昌朝廷领导的省份都进行了大规模的动员，向前线输送粮饷。李明忠、王兴指挥的广东部队，焦琏指挥的广西部队都开赴湖广，准备迎战博洛的大军。博洛这一路是三路清军之中实力最强的，他的父亲阿巴泰死于黄蜚之手，这一次他急欲报仇。刘宗敏深感不安，闯军的兵力眼下还是不足，虽然收编了很多明军，但是这些兵马的战斗力究竟如何就只有天知道了。不少部队还是由原来的明军将领统带，即便是已经完成整编的，也没进行多长时间的磨合训练。云南那边，先是发生了元谋土司吾必奎的叛乱，明黔国公沐天波调王弄土司沙定洲平叛，虽然消灭了吾必奎，沙定洲却趁机偷袭了省城昆明，沐天波的两个弟弟沐天泽、沐天润都战死沙场，母亲陈氏和妻子焦氏自尽，沐天波本人逃亡楚雄，投奔兵备道杨畏知。云南巡抚吴兆元、礼部左侍郎王锡衮投奔了石屏土司龙在田，向武昌朝廷紧急求援。刘宗敏没有办法，只能命刘体纯前往云南平叛，王祥、皮熊所部前往湖广的计划不改，留马云翔镇守贵阳，在广西的赵印选、胡一青所部滇军调入刘体纯麾下。王皮二部磨磨蹭蹭，能不能按时赶到还很难说。
四川方面，袁宗第能调动的兵力也很有限，目前只能派李复荣率领三谭所部再加上一支闯军老兵和摇黄等小军阀部队混编之后的军队增援。曾英派出了部将李占春和于大海，秦翼明也率领白杆兵参战，但是这两支军队依然是彻头彻尾的明军。四川本地的军事压力也很大，袁宗第忙于平定匪患、剿灭乱兵、赈济难民甚至上山打老虎，实在分身乏术，提供这么多军队已经很冒险了。
因此，西军的态度就成了局面的关键。如果他们真心实意归顺武昌朝廷，那么刘宗敏手上就能增加一支强大的野战力量，四川的治安战也不必再担心。反之如果他们阳奉阴违甚至与闯军敌对，西南乱局就会一直持续下去，武昌朝廷将始终面临腹背受敌的窘境。
孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇突然联合拜表表示愿意归降，令刘宗敏大为欢喜，但是他同时也担心，西营的归诚到底是不是真心的？假如他们只是借此机会行缓兵之计，以图长期在四川割据，那么局面也不会用多少好转。在牛金星的谋划下，刘宗敏向西军诸将传达了任命。孙可望封昆明侯，授云南权将军之职，与刘体纯一同入滇平叛；李定国封宜城侯，授制将军之职，前往襄阳参战；刘文秀封咸宁侯，授制将军之职，调往陕西接受高一功指挥；艾能奇封华阳侯，授制将军之职，留守四川，接受袁宗第指挥，待袁宗第进驻成都之后移防保宁。
不少人都反对这个安排，刘体统提出，这个改编要求太苛刻了，直接把西军一分为四，分到四个省，就连对很多明军都没有这么苛刻。刘宗敏表示，对明军迟早也要这么苛刻，武昌朝廷内部不能允许有拥兵自重的军阀出现。连堵胤锡都认为，这种条件有可能导致西军拒绝改编。最终刘宗敏决定，先不直接下旨，由堵胤锡和宋献策前往成都和西军四兄弟商谈改编细节。出乎他们意料的是，孙可望竟一口答应了朝廷的全部要求，并且表示，从成都到武昌走一趟要一个月，往返请示太麻烦了，既然西营的意见与朝廷的意见相同，那就立刻行动吧。堵胤锡和宋献策完全没想到事情会这么顺利，刘宗敏事先也交代过他们，只要西军接受改编，条件适当放宽都可以，但是要快，云南、陕西的军情都十分紧急，容不得拖延，于是他们立刻批准西军诸将使用朝廷打算授予他们的各种官爵，迅速停止四川的内战，准备平叛抗清。
