兵部侍郎杨守谦临危受命，奉诏提督九门军事。他将一千武举考生编为一营，参与防守东直门。因戚继光本身就是四品武将，又有实战指挥经验，被临时任命为主将，兵部郎中谭纶（正五品）为副将辅助。
谭纶接到这个任命的时候是不太服气的。还记得明朝官员的鄙视链吗？谭纶进士出身，位于鄙视链最高端的他，从心里瞧不上戚继光这个世袭将军。所以第一次见戚继光，谭纶没有行下级见上级之礼，言辞之间也颇为傲慢，戚继光却不以为意。
一营举子大都没有作战经验，第一次上战场又面对蒙古铁骑，他们内心非常忐忑，担心京城守不住而惶恐不已。戚继光为安抚他们，提高士气，给他们说了几条俺答打不进京师的理由：
一是俺答率大军辗转大同、蓟州，一路南下到京城，行程千里，无法携带大型攻城器械，而京师城高墙厚，攻取极为不易。
二是俺答的骑兵和蒙元时期相比战斗力和装备都相差很远，由于缺少铁器，以轻骑兵为主，身上一般只着兽皮或骨甲，这样的军队在攻城时极易被箭矢、木石等所伤。蒙古各部矛盾重重，俺答要保持自己在草原的优势，可禁不住这样的损失，必不会倾尽全力攻城。
三是此战俺答因“贡市”未遂而发动，其主要目的还是逼迫朝廷同意互市，也没有一定要攻陷京师的决心。
有以上三条，只要坚守必可保京师安全。
众举子听了心中大定，低落的士气明显好转。谭纶听了心中大惊，他没想到戚继光竟有如此见识，并不像是一个混吃等死的官二代。放下偏见的谭纶开始与戚继光主动交流，在晚上值夜时，两人秉烛而谈，越谈越投契，心中块垒尽释，都觉相见恨晚，竟一夜未眠，等到天光放亮时，还意犹未尽，志气相投的二人后来成了一生的挚友。
后来的战争走向也基本印证了戚继光的看法，俺答尝试了几次攻城后，发现京师防御严密，不愿徒增伤亡，便将主要军事行动改为在京师四周劫掠，东直门等城门外的民居都被损毁，但为逼迫明朝依然保持着一定的攻城压力。东直门是俺答主攻方向，防守的压力最重。戚继光和谭纶配合默契、指挥有方，而且每战皆身先士卒，极大地鼓舞了全营士气，数次打退敌人的进攻，力保东直门不失。
戚继光在不当值的时候也没闲着，及时总结作战经验，撰写了《御虏方略》，提出了十几条克敌取胜的对敌良法，并拿给谭纶看。谭纶看完后觉得合乎兵法，极有见地，便将其呈送兵部侍郎杨守谦。杨守谦读后，如获至宝，大赞戚继光“资性敏慧，洞悉韬略，文武双全，真国士也”，还马上派人刊印《御虏方略》，分发给各级将士学习，用以制敌。杨守谦非常欣赏戚继光，就任命他为自己的总旗牌官，把他留到身边帮助参赞军机，而让谭纶代替他指挥举子营。
戚继光任总旗牌官后，多次向杨守谦提出了合理化建议，对当前朝廷消极防守的策略提出了明确反对，他建议采用守中有攻的积极防御策略，加强对俺答军队的袭扰，使其不能为所欲为，并针对各路援兵逐渐来京的形势，提出必须尽快统一号令、明确分工合作、严肃军队纪律等措施，杨守谦都非常认可，对戚继光也越来越倚重。
这时节节胜利的俺答却突然停止了进攻，释放了在通州俘虏的宦官杨增，让他手持自己的书信回复明廷，称“只要同意通贡，就撤围罢兵！”对于俺答的议和举动，朝廷争议不休。
杨守谦便询问戚继光该如何应对，戚继光苦笑着答了一个字“拖”。见杨守谦不解，戚继光解释道：“蒙古势强，如果现在议和，条件对于大明肯定非常苛刻，只能拖住蒙古人，等京师周围的部队都赶来勤王，攻守易势，到时候谈判主动权就掌握在我们手里，是战是和，当今圣上一言而定。”杨守谦听罢频频点头深以为然。
第二天杨守谦参加廷议，紧急磋商如何处理俺答的书信。嘉靖问严嵩该如何处理，严嵩才恬不知耻的说：“蒙古人只是来抢吃的，不用理他们。”严嵩的话气得嘉靖半天说不出话来。作为大明的内阁首辅，居然说出这样尸位素餐的话来，古往今来，只此一例。但嘉靖怪不得严嵩，毕竟严嵩就是靠阿谀奉迎、溜须拍马上的位，并没有什么真本事，把严嵩提到如此高位的正是他自己。
但别人不敢反对严嵩，有人敢，这个人就礼部尚书徐阶，他愤怒对严嵩说：“敌人就在城下杀人放火，怎么能说仅仅是来抢吃的呢？我们现在必须商量出怎么对付敌人。”嘉靖非常赞同徐阶的话，并询问他如何回答俺答书信。徐阶的办法竟和戚继光暗合，就目前的情况来说也只能是拖，其思路与戚继光大致相同，嘉靖帝无奈也只好如此。廷议回来之后，杨守谦对戚继光更加看重。
几天后各地勤王之师都陆续赶到京师，从兵力上已将超过了俺答的军队。在这种情况下嘉靖帝有点膨胀了，他下令兵部尚书丁汝夔指挥大军对俺答部发动进攻，给这些野蛮的蒙古人一点教训。
得到命令的丁汝夔也想痛击蒙古人，可他却不得不去征求严嵩的意见。严嵩害怕打败仗，居然对丁汝夔说，边塞上战败或许可以掩盖，京城之下失利，皇帝没有不知道的，谁来担当这一责任？敌寇抢掠充足后自然会离去的。并且向丁汝夔保证，皇帝不会为难他。
丁汝夔因此不敢主战，诸将也紧闭营门，俺答因此更加肆无忌惮地进行抢掠。只有杨守谦率孤军迫近俺答的军营，但因兵力太少，数次向丁汝夔进言，要求派兵增援都被拒绝，最后只好无奈撤退。
看到明朝援军到达，俺答也知道上当了，他赶紧做好迎战的准备，可等了几天也没见对方没有发动攻势，这让俺答非常疑惑。最后俺答等不及了，他为达到自己的目的，以战逼和，对京城发动了数次进攻，一时间京师的防守形势又危急起来，嘉靖帝无奈最后只好含混允诺通贡，俺答这才带着抢来的丰厚财物毫发无损地撤走了。
当俺答退去后，戚继光因在此战中表现卓越，被兵部以国士的名义推荐给嘉靖皇帝。杨守谦在推荐疏里说戚继光是“青年而资性敏慧，壮志而骑射优长。扣衷富有甲兵，投笔深通章句。允闲军旅之事，卓有乃父之风”。并把戚继光被说成是“才猷虎变当收儒将之功，意气鹰扬可望干城之寄”，预言他将来会成为大明王朝倚若长城的人物。他的预言最后成真，但他却永远看不到了。
庚戌之变后，嘉靖越想越觉得窝囊，对严嵩颇为不满，有疏远之意。严嵩为自保而找了两只替罪羊，他纠集党羽弹劾兵部尚书丁汝夔、兵部侍郎杨守谦畏敌怯战。嘉靖盛怒之下以“御寇无策、失误军机”为由，将丁汝夔、杨守谦斩首。丁汝夔在临刑前大呼“严嵩误我”，但为时已晚。最冤的是杨守谦，在临刑的时候，他慨然地说：“我以勤王反而获罪，谗贼之口实蔽圣聪。皇天后土知我此心，死有何恨？”
杨守谦坦荡平易，做官廉洁，对下属多有恩义，知道他的死讯后，包括戚继光在内的属下没有不哭泣流涕的。但他的缺点是性格太过谨慎，当时戚继光多次劝他出战，他都因兵少无援为由而未采纳，最后竟然获罪，实在令人遗憾。隆庆初年，新皇才为他平反，追授兵部尚书，谥号恪愍。
