南澳岛战役结束后，东南沿海各地的倭患，经过沿海军民十几年的艰苦奋战和戚继光、俞大猷等抗倭将领的共同努力，已被基本平息。
戚继光凯旋而归后，虽仍有小股倭寇来犯，均被戚家军歼灭，此时倭寇已经没有能力也没有胆量再组织大规模的进犯了。
但戚继光居安思危，在谭纶的全力支持和配合下，开始按照自己的军事理念和规划，重整福建海防建设。
戚继光是明代最早拥有海防意识的高级将领之一，南澳岛之战后，他给朝廷的《经略广东条陈戡定权宜疏》中，体现了对海防的高度重视，建议今后应该更加注重沿海防御，而不应该过度的依赖北方的关塞，可以说是远远超出当时人们的眼界，可惜曲高而和寡，并未受到当时主政者的重视。
在奏疏中，他还神一样的预言外敌如果从海上进攻，广东海防空虚，必是重大隐患，后来在清末鸦片战争中得到验证。
戚继光在山东备倭和浙江剿倭时都非常注重海防建设，但之前他权利有限，无法完全实现自己的想法，如今他终于有机会在福建尽展胸中蓝图。他根据福建的地理、气候、经济等实际情况，系统地将福建海防规划建设为三大部分：
第一部分是海上巡防制度。戚继光的海防军事思想是主动歼敌，尽可能御敌于国门之外，所以他对于海巡非常重视。他认为陆防是最后的手段，海巡才是海防的第一道力量，沿海水师要坚持出海巡哨，尽可能歼敌于海上，不使倭寇有登陆上岸的机会。为此他在福建地区分信地、严会哨，建立了较为全面的海上机动力量，构筑了严密的海上巡防网络，积极主动地保卫着福建沿海的安全。
第二部分是炮台和铳台。海防炮台是沿海防御的重要军事工程，是捍卫海疆权益的利器。戚继光一直对先进的火器装备情有独钟，在海防中大量使用了大型火炮和各式火铳。他按照福建的地理地形，极具前瞻性地放弃了全面防御，而实行重点防御，在福建沿江沿海的重要城市如福州、泉州等地修建了多座要塞炮台，并对传统炮台进行优化，在炮台周边设置铳台为掩护支援，形成了一个完整的炮台要塞系统，避免了海防力量的分散，有效的提升了海防的总体实力，将它们改造成为福建地区的海防中心。
第三部分是城防。城防在整个海防体系中，发挥着最后的作用，是保卫沿海军民的安全，抵御海盗、倭寇入侵的最后一道防线，城防体系的建设直接关系到海防的成败。为此他逐渐在福建沿海重要的府县，恢复和新建了一系列的城池，作为抵御海盗与倭寇入侵的最后堡垒。尤其值得称道的是他在这些城池建设中，创造性的设置了空心敌台，既有利于本方发挥炮火攻势，又有利于防守和躲避敌人的炮火，真乃天工之作，大大提高了城防的安全与威力。
在几年的时间里，戚继光的足迹踏遍福建沿海的城池、要塞及山川，在他不懈的坚持和努力下，在福建军民的高效而细致的营造下，福建海防建设得固若金汤。后来虽然仍偶尔有小股倭寇来犯，但在福建严密的海防面前，均很快被歼灭或击退，福建沿海的百姓又过上了平静而祥和的生活。
