大乘佛教发展到瑜伽行派时更为重视禅定，此派禅定的内容较先前的佛教禅思想有很大变化，更为丰富，更为复杂。瑜伽行派的理论实际上是止观并重，把本派的禅定方面的学说与其关于诸法本质的理论密切结合在一起。此派的主要著作《瑜伽师地论》有五部分（本地分、摄决择分、摄释分、摄异门分、摄事分），其中的本地分论述了瑜伽禅观的境界，即所谓十七地，包括五识相应地、意地、有寻有伺地、无寻唯伺地、无寻无伺地、三摩呬多地、非三摩呬多地、有心地、无心地、闻所成地、思所成地、修所成地、声闻地、独觉地、菩萨地、有余依地、无余依地。其余几部分对十七地中涉及的一些问题进行了进一步探讨，通过这种探讨展示了瑜伽行派对诸法的基本看法。因此，瑜伽行派的禅观是一种思辨性很强的理论体系，它与此派的其他学说是融为一体的。
密教对禅定的重视体现在其关于瑜伽的理论上，密教吸收了瑜伽行派等大乘佛教的不少思想，认为瑜伽就是通过传统的调息、制感、摄心等手法使自己与最高实在（或事物的实相，或佛性，或本尊佛等）相应。《大日经》等密教经典中提到有相瑜伽（有相法）和无相瑜伽（无相法），前者将有形相者作为禅定或专注对象，后者将无形相者（事物的本质或心真实等）作为禅定或专注对象。密教认为无相瑜伽是深奥的，高级的，而有相瑜伽是为劣慧之人所说的。
禅宗在中国
中国禅与印度禅有很大的不同，这一点是所有研究禅宗的人都同意的。简而言之，中国禅是从印度禅做了很大的释放，是禅不再限于“禅定”的范围，而与中国人的生活、思想、言行做了极紧密的结合，从而开发了无限的天空。
——《禅宗之外的禅师》
佛教的禅思想传入中国后，一开始并没有立即形成一个独立的佛教宗派。禅宗形成后，中国的禅思想则主要表现为禅宗的发展。
禅宗的形成按照该宗自己的一些法系传承的说法，有许多祖师。禅宗的分派主要是在慧能时期，但在道信时期，就已形成了一个支派。根据刘禹锡的《融大师新塔记》（《全唐文》卷六○六）和宗密的《禅门师资承袭图》等的记述，道信的一个弟子法融创立牛头宗。此宗后来影响极小，在唐末时湮没无闻。弘忍的弟子众多，其中最著名的是慧能和神秀。这两人分别成为禅宗里的两个派别——南宗和北宗的代表人物。禅宗在后来有较大发展的主要是南宗。而南宗后来又先后形成三个系统，即：荷泽神会系统、南岳怀让系统、青原行思系统。在晚唐五代时期，禅宗从南岳系统和青原系统分化出五个支派，称为禅宗的“五家”，即：沩仰宗、临济宗、曹洞宗、云门宗、法眼宗。禅宗的“五家”到宋代时沩仰宗衰亡，其余各家都有发展。其中的临济宗则分出两个支派：一是黄龙宗（派），另一是杨岐宗（派）。这两宗与原来的“五家”被称为禅宗的“五家七宗”。若从东土初祖菩提达摩算起，禅宗在南北朝时期就形成了。但实际上，禅思想在中国历史上真正形成一个有较大影响的宗派是在唐朝之后（特别是在慧能之后）。在此之前，禅思想还是没有形成较大的宗派规模。
禅思想传入中国最初主要是通过翻译一些论述这方面理论的佛典实现的。较早翻译成汉文的这方面的主要佛典，有安世高译的《安般守意经》、大小《十二门经》，支娄迦谶译的《般舟三昧经》、《首楞严三昧经》等。这些经典属于小乘方面，主要叙述的是印度禅思想中的制感、调息以及控制心作用等内容的成分，具体有“四禅”、“四无色定”、“四无量心”等。属于大乘方面的主要叙述的是对佛的冥想，以及通过对大乘佛教根本观念体悟而达到禅的境界等内容，具体有“佛现前定”、“一切事竟定”等。总的来说，引入的思想主要是印度佛教中的一些禅的基本内容。
在隋唐之前，禅宗东土“祖师”里在禅法方面影响较大的是菩提达摩开创的方法，即所谓“二入四行”。 “二入”指“理入”和“行入”。 “理入”说的是依靠智慧或真理而入佛道，按禅宗的说法是所谓“借教悟宗”，也就是借助佛教的经典文字等逐渐悟入无自无他、凡圣等一、寂然无为的禅的境界。“行入”说的是依靠正确的修行或处世态度而入佛道，具体来讲又有四种，就是所谓“四行”，即： 抱怨行（正确对待先前行为所得业果，无怨憎）、随缘行（得失随缘）、无所求行（不贪婪地求取）、称法行（认识诸法无我等事物的真理）。这种“二入四行”的方法在本质上说和印度禅思想中存在的一些方法能找到对应之处，如“理入”接近于印度宗教中的“观慧”，“四行”在本质上是对自己行为的抑制或控制，与上述“禁制”、“劝制”、“制感”类似。
中国禅思想的发展后来逐步走上了重视“心性”理论、“佛性”理论的道路。“见性”了就“悟”了，也就成佛了。禅宗的核心思想成了如何“见性”的问题。见性的问题成了修禅者的首要问题。把禅思想和心性或佛性问题紧密结合在一起，这是中国禅思想的一个特色。印度佛教中很早就讲“心性本净”或“自性清净心”。这与佛性观念虽不完全是一回事，但却也有很大关联。“心性”或“自性”的观念是“佛性”观念形成的一个基础。因为在佛教理论中，人能否成佛与心的本性（心性）有关，与人自身的本质（自性）有关。佛性问题直接涉及人的本性问题，而所谓“心性”在实质上又是人的一种本性。在佛教看来，成佛与净或清净是一致的，人的心或自性不净则不能成佛。因而“心性”或“自性”的观念与佛性观念就联系在了一起。在印度，这一问题的讨论在小乘和大乘一般的流派中都存在，不过并没有与禅思想有什么特别的关联。但在中国，禅宗则将讨论的重点放在能否和如何见到人的自性清净心或佛性之上。
心性问题或佛性问题在禅宗兴起之前在中国佛学界就曾热烈讨论过，如慧远、道生及一些地论师和摄论师等都曾积极参与。禅宗产生后吸收、借鉴和发展了印中佛教在这方面的思想。禅宗认为，人们的心性本来就是清净的，但一般的人或凡夫由于执着于不实在的事物，被迷妄所遮覆，因而处于无明状态。只有用“般若慧”来认识自己的清净本性，才能觉悟。禅宗要求“直指人心”、“见性成佛”等，其理论基础或前提就是“心性本净”。
禅宗里与心性问题相关的另一个重要观念是“觉悟不假外求”。禅宗认为众生自己身上都有佛性，众生都可能成佛。这种思想在《大般涅槃经》、《大乘起信论》等许多佛教经论中都提到过，禅宗也将其作为基本观念。既然佛性在自己身上，那么要禅定或“悟”的对象就不应向外，而应向内。也就是说，要获得觉悟不是要到身外去求取，而是要在自身中下功夫，发现自身中本有的佛性。在禅宗看来，所谓解脱，就是认识本心（“若识本心，即是解脱”）。把禅定的重点放在自身内部，这也是禅宗的一个特色或倾向。
在禅宗里，无论是南宗还是北宗，都承认“自性清净”的观念，都注重向内体悟或发现自己的本性或佛性。但在如何实现这一目的或完成这一过程的问题上，二者的见解或作法有差别。这种差别通常被概括为“南顿北渐”。所谓“南顿”指南宗“顿悟成佛”的方法。南宗认为，一旦认识了自己的本性（清净本性或本有的佛性），就可在一刹那的时间内觉悟。《坛经·般若品》中说：“若起真正般若观照，一刹那间，妄念俱灭。若识自性，一悟即至佛地。”《坛经·般若品》中还说：“前念迷即凡夫，后念悟即佛；前念着境即烦恼，后念离境即菩提。”这就是说，人获得觉悟，不过在一念之间，在前念和后念的一刹那。所谓“北渐”指北宗主张“渐悟成佛”的方法。在北宗看来，体悟佛教的真理或认识自己的本性，不是一下子就可以完成的，应该“凝心入定，住心看净”，因而觉悟是一渐进的过程。
禅宗强调佛教的修行活动不能脱离世间，这也是它的一个重要特色。用禅宗自己的话概括就是“佛法在世间”。《坛经·般若品》中说：“佛法在世间，不离世间觉；离世觅菩提，恰如求兔角。”印度禅思想在最初主要是要求人们保持内心的平静，控制人的感觉器官的活动，不受外界干扰，达到观慧和精神凝定的状态。这和小乘佛教的一些要求是一致的，小乘佛教追求摆脱生死轮回后所达到的一种涅槃境界，这种境界与世俗世界（世间）完全不同。世俗世界存在着情感、欲望等，而涅槃境界则摆脱了人的情感、欲望等。涅槃境界与世俗世界是决然分离的。印度的大乘佛教否定小乘佛教的这种追求脱离世间的涅槃观念。认为“涅槃与世间，无有少分别。
世间与涅槃，亦无少分别”。认为“诸法实相即是涅槃”。这些思想对禅宗有很大影响。禅宗在中国特定的文化背景之下，更为强调它。中国以儒家为主要代表的传统文化通常要求人们积极参与社会生活，在社会生活中体验真理，通常不要求人们脱离社会。禅宗立足于中国文化的大背景，吸收印度大乘佛教的有关思想。禅宗，特别是南宗系统，并不追求那种与世俗世界完全不同或毫无关联的涅槃境界或清净世界，而是认为不能离开世俗社会去追求涅槃境界。禅宗的“不离世间觉”就是强调修行不能脱离社会生活，要在现实世界中去追求对自身心中佛性的认知。尽管禅宗的这方面学说是在吸收了一些印度佛教经论的思想之后提出的，但它把作禅与参与社会生活如此紧密地联系在一起，应该说是有所创新的。
禅宗以接引学人、禅理教说的方法奇特而著称。在接引学人时采取“棒喝”等手法，单刀直入，机锋峻烈。这种方法在印度禅中没有见到，但若追其思想来源，应该说与印度思想也有关联。它是把一些佛教经论的要求推向极致的表现，或说是禅宗为实践这类思想所提出的具体手法。印度佛教的许多经论要求人们不要执着于一些固定的概念，包括佛教学说中常常使用的名相概念，因为这些名相概念只是认识佛教真理过程中所借助的东西，而不是佛教真理本身，佛教真理本身需要人们去体悟。《金刚经》中说：“所言一切法者，即非一切法，是故名一切法。”“说法者，无法可说，是名说法。”在这里，如来所说或所言，都只是手段，不能执着，要在否定具体的名相概念中来体悟佛教的真理。《金刚经》中提到的“筏喻”也是要向人们显示，如同乘筏渡水，上岸后筏要抛弃一样，一般的言语，甚至佛的言说都只是手段，只能借助它们来体悟事物的真实本质，达到目的后，这些手段要抛弃，不能总是执着。禅宗的“棒喝”以及后来一些著名的公案等所要达到的目的是促使人警醒，中断一般的思维方式，顿悟成佛。客观地说，这些内容还是依照佛教经典中的基本思路，加以发挥，但在手法上有创新，形成了一些自身的特色。
