1688年，蒙古人在噶尔丹的率领下突然向喀尔喀人发动进攻，喀尔喀人狼狈逃窜，只有请求康熙皇帝予以保护。两年后，在多方外交斡旋失败的情况下，37岁的康熙皇帝决定御驾亲征，打击噶尔丹，在远征途中，康熙因患病滞留在塞北行宫，此时，十分想念17岁的皇太子胤礽，决定召见太子，并临时决定，由皇三子胤祉陪同觐见。康熙以为，看见自己病体未愈，太子一定会对自己的父亲表现出忧虑关切之情，这本来是人之常情，也是孝治天下的根本。但是，令康熙大失所望的是，胤礽兄弟非但没有忧戚之意，辞色之间倒流露出几分“窃喜”之情。这使康熙大为不快，命令太子立即回京。《实录》所载：“上以胤礽绝无忠爱君父之念，心甚不怿，令即先回京师。”至此，他才意识到自己苦心培养的皇太子缺乏君临天下的最基本素质。其实，康熙帝不知道，在他深感失望的同时，皇太子胤礽也颇感不快，他没有想到在父皇身边生活竟然如此枯燥，除了请安问候外，不能越雷池一步，他本来就是为所欲为之人，自由散漫惯了，非常厌恶这种小心翼翼的生活，因此，听到父亲的命令他回京的命令后，高兴得差点笑出声来，这是康熙父子的第一次心理冲突。
同年11月，康熙终于痊愈了。这时候，他所敬爱的舅父佟国纲忽然阵亡，为了教育太子，以身作则，当佟国纲的遗体运回北京时，尽管康熙身体不适，但还是不顾众大臣的劝阻，抱病参加繁琐的葬礼，但皇太子对康熙这一意味深长地的行孝举动无动于衷，这又是一次。1696年，康熙再次远征，为向太子示范孝行的机会，他经常派使臣向太后赠送礼品，奏陈前方的战况，并特意通过太子向太后请安。同年4月20日，康熙在给皇太后的信中写道：“恭请皇太后万安。朕躬甚安。诸皇子诸王以至臣工军士皆好。皇太子佳否？”但胤礽麻木不仁，未能理解父亲的良苦用心，不但没有及时给父亲复回，连一封简短的问候书信也末写去，这时候，康熙已经万念俱灰，难以掩饰自己失望的情绪，对皇太子胤礽的孝顺基本上不报任何希望。1700年底，为了警告胤礽，康熙任命皇四子胤镇为庆祝皇太后六十大寿拟定一个礼单，胤禛认真细致地为向太后祝寿桃选礼品。礼单包括：三尊佛像、一架欧洲自呜钟、汉代玉石数块、九十九种古玩、九十九幅宋元明画册、连鞍马六匹，还意味深长的下令御膳房数米万粒，做象征八方近贡的万国王粒饭，以向皇太后祝寿。其孝敬之心与皇太子胤礽形成鲜明的对比。
1694年的清明节，皇太子胤礽已经年满二十岁了。按照满清的传统，这一年将在祭祖过程中，为皇太子举行冠礼。为了试探康熙皇帝对让胤礽提前即位的反应，老谋深算的索额图授意礼部把太子提到与皇帝同等的地位，引起康熙警觉。索额图日后被捕入狱，康熙指斥他为“本朝第一罪人”，最重要的证据就是“一切礼仪，皆索额图所定，服用仪仗等物，俞越礼制，竞与朕所用相等”，也就是指此次大典。面对太子党咄咄逼人的攻势，康熙皇帝已经感受到扑面而来的危机，为此，他任命明珠的亲信佛伦为礼部尚书，同时保留川陕总督的职务，当明珠的侄子、两江总督博拉塔死时，康熙还公开表彰他“和而不流”、“不畏权势”，这里的“权势”只能是索额图。
同时，康熙还擢升李光地为直隶巡抚（李光地为民主人士，超脱于党派之争）。此外，康熙一直怀疑“素有才能，居官清慎”的大学士熊赐履对太子有不良影响，熊本是理学名臣，书读得不错，但也深通关系学，不但与太子关系颇好，还与权倾朝野的索额图关系非常不一般，诚如李光地所言：“问可用人，索必以熊对，熊必以索对。”1699年，康熙任命王鸿绪为工部尚书，秘密调查朝中弊端以及皇太子劣迹。一年后，康熙皇帝公开警告，那年殿试刚结束，康熙斥责会试录取结果不公正。他说：“今年会试所中，大臣子荣居多，孤寒土子未能人选。如此，欲令人心服，得乎？”斥责主考官员：“尔等焉能不为之羞愧？”此后两年，康熙帝对熊赐履越来越不信任，1702年冬，当康熙南巡到达德州时，命令李光地推举贤才进入南书房行走，并担任诸皇子讲官。
1703年6月，索额图及其兄弟心裕因为毒打家奴，致死三十多人，被“降一级留任”，尔后，康熙帝下令从严惩治，心裕被革掉一切职务，并失去世袭爵位。同日，任命李光地为吏部尚书。次日，任命明珠的儿子、翰林院举院学士揆叙主管新录取的庶吉士。1703年7月，康熙下令将索额图锁禁查办，斥责其“浮躁”，“植私党，贪奢侈”，太子党受到毁灭性打击。
1707年春，康熙第六次南巡，王鸿绪经过一番调查，呈递给康熙的密折内容触目惊心：“侍卫五哥买女人一名，用价四百五十两；又买一女子，价一百四十两；又一婢七十两。”此外，王鸿绪特别提到一个叫范溥的人，此人神通广大，他强买女子皆托“御前第一等人”，康熙对王鸿绪的密报十分警觉，层层深究，终于将所谓“御前第一等人”暴露了出来，就是皇太子胤礽，他卷入了强买江南娈童妓女的污秽之事。1708年10月，发生了扑朔迷离的“帐殿夜警”事件。所谓帐殿，就是木兰秋狝时皇帝驻跸的营帐。
康熙发现，晚上的时候，总有人在帐篷外面偷偷地窥视他的行动，康熙大为恼火，经过一番调查，康熙发现，这个人就是皇太子胤礽，他日后斥责：“更有异者，伊每夜逼近布城裂缝向内窥视……令朕未卜今日被鸩、明日遇害，昼夜戒慎不宁，似此之人，岂可付以祖宗弘业！”几天后，54岁的康熙皇帝把诸皇子、大臣、侍卫、文武官员召到行宫前，命胤礽跪下，亲自下令锁拿，并当着满汉王公大臣的面，痛斥胤礽“不法祖德，不遵朕训，惟肆恶虐众，暴戾淫乱……朕包容二十年矣”，最后又说“朕尚冀其悔过自新，故隐忍优容，至于今日。”并声称，胤礽于昨夜潜入御营，图谋行刺，斥他“专擅威权，纠集党羽，窥伺朕躬，起居动作，无不探听”。随即宣布废黜太子，押解北京，终身监禁，其党羽6人正法，4人发配盛京。史载，康熙老泪纵横，“且谕且泣，至于仆地。谕毕，悲伤万分，愤懑不已。甚至六天六夜，不安寝食，涕泣不止”。后患中风，只能用左手批阅奏折。
允礽被废，东宫无主，引起那些有野心的皇子的欲望。圣祖已经看到这一点，所以，有“诸阿哥中，如有钻营谋为皇太子者，即国之贼，法断不容”（《圣祖实录》）的告诫。尽管如此，康熙还是割舍不下对允礽的感情，两个月后，下了一道内容离奇的谕旨：“近观允礽行事，与人大有不同，昼多沉睡，饮酒数十巨觥不醉。每对越神明，则惊惧不能成礼，遇阴雨雷电则畏沮不知所措。居处失常，语言颠倒，竟类狂易之疾，似有鬼物凭之者。”几天后，又召集王公大臣于午门宣谕，先说几句允礽的优点“其骑射言词文学，无不及人之处”，接下来说“今忽为鬼魅所凭，蔽其本性，忽起忽坐，言动失常，时见鬼魅，不安寝处，屡迁其居。”之所以发生这种情况，与皇三子允祉对皇长子允禔的举报关系很大。
允祉工于心计，懂天文、音乐和算法等，很受圣祖器重，平日和允礽很亲近，但他并没有参加太子党，他告发允禔纯粹出于私人情谊，他举报的主要内容是：皇长子允禔用蒙古喇嘛诅咒允礽，以术镇压，图谋不轨。康熙恍然大悟，1709年，复立允礽为皇太子。但太子允礽实在是死狗扶不上墙，他很快就忘记了自己复位前的誓言，我行我素，放荡不羁，还沉湎酒色，变本加厉的结党营私。康熙为了进一步管束他，总是把他带在身边。如赴热河围猎，便让他须臾不离左右，皇太子受不了，常对父皇常发出怨恨之言，甚至说：“古今天下，岂有四十年太子乎？”经过三年零7个月的观察，康熙最终得出结论，允礽“怙恶不悛”，“毫无可望”。1712年，康熙再次宣布废黜胤礽，此时，康熙帝59岁，皇太子39岁。康熙再废皇太子引出一个更为严重的后果是：抱有野心的皇子们，结党钻营，谋贪大位。康熙帝对此是心中有数，他不断地召见诸皇子，谆谆告诫，让他们“勿令生事，安分而行”。但是，在巨大的皇权的诱惑下，各个皇子党不但没有收敛脚步，反而变本加厉，铤而走险，掀起皇权竞争的高潮。
