惊险躲过了一场刺杀后，嬴政进行了赏罚。他下令把刺客荆轲的尸体与秦舞阳处以车裂之刑；蒙嘉因为受贿引见荆轲，被撤职处分。当天在朝堂上有帮助阻拦荆轲的大臣赏百金，夏无且功劳最高，被赏了两百金。
而对于这场刺杀的始作俑者燕国，嬴政决定必须要予以报复。本来，秦国下一个进攻的目标是魏国，但荆轲刺秦让嬴政无比愤怒，他当即命令在赵国的王翦停止南下，调头进攻燕国。秦军声势浩大地跨过易水河，向燕国首都蓟城发起了猛攻。
而燕王燕喜其实在批准了儿子的刺秦计划后，就预料到秦军必然来攻。所以他事先把一部分的人口、物资和军队撤往了偏远的辽东郡（今辽宁省辽河以东地区），只留下部分军队联合代国的赵嘉阻击秦军。这个类似于当初司空马给赵国提出的策略，帮了燕国多活了几年。
王翦的秦军在易水河流域突破了燕代联军的阻击，于第二年，即公元前226年攻克了蓟城。燕喜和赵嘉带着宗室大臣及时逃亡到了辽东郡，利用燕山和辽河的天险继续抵抗，秦军的攻势暂时受阻。
这时，王翦告病回家休养，燕国境内的秦军便由小将李信统领。李信为了表现自己，给嬴政解恨，亲自率领小股秦军侵入辽东郡，对燕丹穷追猛打。燕丹的队伍被打散，燕丹只好孤身一人躲藏在衍水（今辽宁省境内太子河）岸边的草丛里。好不容易躲过了秦军的追杀，燕丹终于看到了自己父亲的人马。他正要放下心来去迎接，没想到，那些人冲上来就将燕丹杀死了。
原来，燕喜听从赵嘉的建议，认为秦军追击得这么紧，无非是要杀太子丹报仇，燕国不如献上燕丹的人头向秦王赔罪，把罪责推给燕丹，或许秦国就会退兵了。于是，燕喜就派人杀掉了燕丹，让自己的儿子做了顶罪的“临时工”。
嬴政收到了燕丹的头颅后，果然下令李信停止进军。这不是嬴政真的气消了，而是他的既定目标本不是燕国，而是魏国。现在燕国退守辽东，已经对秦国构不成威胁，倒不如趁这个机会下台阶，立刻攻打南方最具威胁的魏国和楚国。
秦军撤退了，燕喜和赵嘉终于松了一口气。
而此时将面临秦军攻打的魏国，是一个什么样的状态呢？
自从十几年前信陵君魏无忌去世之后，魏国复兴的希望也最终破灭了。此时的魏国是末代魏王魏假在位，魏国已然是日薄西山，它一面向秦国割地求和，一面和楚国摩擦争地，结果在秦楚两国的夹击下，国土缩水到只有首都大梁及其周边的地区。当韩国和赵国两位三晋兄弟被秦国消灭时，魏国竟派不出一兵一卒来支援他们。
魏国，成了一只待宰的羔羊，就等秦国前来猎取了。
所以，秦军从燕国撤退后，立刻就展开了围攻大梁的准备。由于王翦生病，他就推荐了自己的儿子王贲担任主帅。王贲继承了父亲的谨慎和睿智，即便自己拿到了看似简单的灭魏任务，只要攻取大梁一座城而已，王贲也是小心翼翼地察看地图，观察地形。
然而，正当王翦紧锣密鼓准备出战时，一场突然而至的叛乱打乱了秦军的部署。这场叛乱的发起者不是秦国人，而是已被纳入秦国户籍的韩国人。韩国的遗民们在自己的故都新郑举旗造反了。
韩国人造反的原因其实很好理解，自己的国家被灭亡，丢失了原有的身份，老百姓被迫服秦国的劳役，贵族则被废除了权势。加上秦军进攻时，韩国没有激烈抵抗，这让许多韩国人心里憋着一口气，凭什么自己要这么窝囊？
当时的末代韩王韩安还活着，嬴政为了方便管理韩国故地，一度让韩安依旧留在新郑，帮助秦国官员维持秩序。韩国遗民见韩王在场，反抗情绪最初没有那么激烈。但是，自从荆轲刺秦后，嬴政对六国的人极其不信任，担心韩王在故都新郑居住，会有利于韩国人聚集闹事，便下令让韩安迁往别处居住。
没想到，韩安被迁走后，新郑炸锅了。韩国人觉得国家已经被灭亡了，韩王现在还要被迁走，韩国连最后一点国家的象征都没有了，怎么也要造一回反，争一口气！
于是，在公元前226年，秦军正准备进攻魏国之际，新郑的韩国人聚众叛乱，他们杀死秦国官员，宣布韩国复国。
嬴政闻讯连忙调动军队前去镇压，新郑很快就被打破，参与叛乱的韩人被尽数屠杀，没有被杀的人也被秦人驱逐到了别处。韩安虽然没有参与叛乱，但嬴政担心他贻患无穷，就把他也给处死了。
韩国人的这一次反抗失败了，但复仇的信念一直在韩国遗民中保留着。当时，有一位年轻的韩国贵族，在新郑的屠杀中幸存了下来，他游历四方，拜师求学。十几年后，他在博浪沙（今河南省原阳县东）再次策划行刺嬴政，但没有成功。后来他加入了反秦义军，成为了刘邦的顶级谋士。他，就是张良。
秦军平定了韩国人的叛乱，继续向魏国发起进攻。主帅王贲知道大梁城防坚固，进攻必定需要相当地一段时间。如果楚国乘机救援魏国，从侧翼进攻秦军，秦军必然遭到失败。所以，王贲决定在进攻大梁之前，先攻取魏楚边境地带，切断魏楚之间的联系，顺便也给楚国一个威慑。
秦军随即绕过大梁，对楚国北部与魏国接壤的城市发起进攻。而腐败的楚国对此竟没有什么反应，楚国君臣偏安于淮河以南的寿春，觉得只要秦军不要打到淮河就无所谓，那几座城丢了就丢了。于是乎，秦军轻而易举地完成了目标，切断了魏楚之间的联系。
王贲立即率兵北上，包围了大梁，但他不急着强攻。他看见魏国人的那高墙深沟，知道强攻会让秦军将士死伤无数。他转而在大梁城周围命人掘开河道，准备引河水灌入大梁城。原来，王贲在攻魏之前仔细察看了大梁城数百里范围内的地形，他见大梁城处在河流交汇的地带，适合水攻，便运用了这一计策。
几十万秦军日夜赶工，很快就挖好了水道。只听王贲一声令下，秦军打开水道，滔天的洪水顿时倾泻而下。汹涌的洪水冲毁了魏军的防御工事，淹没了箭楼营寨，一直奔向大梁的城门。大梁的城墙算是坚固了，没有被当场冲毁，但洪水淹入了城中，淹死魏国军民数万人，粮草和物资损失更是不计其数。
灌入大梁的洪水长久不退，大梁城被浸泡了三个多月，最终坚守不住了。末代魏王魏假不得不献城投降，历经178年的魏国宣告灭亡了。辉煌一时的魏国就此成为了第三个被消灭的七雄，它的国土被设置为砀郡和泗水郡。至此，三晋国家全部被灭，秦国统一天下最大的障碍终于被清除了。
